寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
前面已经讲述了R包用clusterProfiler做GO富集分析clusterProfiler的GO富集分析方法，本篇继续演示R包goseq的GO富集分析。相比clusterProfiler中的GO富集分析方法，goseq的特别之处在于，不再使用超几何分布（Hyper-geometric distribution）检验，而是使用了Wallenius non-central hype...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。1.点击文末“阅读全文”，获取DAVID在线数据库网址链接。打开后如下（部分）：2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下： 3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因：第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字；第二种方法是利用B：Choose ..... 阅 读 全 部 >
【Pheatmap 绘制多分组热图】热图作为实验数据分布情况的直观展示方法，已经成为高分文章的不错选择，它不仅可以对数据质量进行具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类。在R中有多个包均可绘制热图，今天小锐给大家介绍一个可以绘制多个分组热图的R包， libarary（pheatmap）。首先是准备工作install.packages("pheatmap")#安装R包library(ph...阅读全文... 阅 读 全 部 >
选自TowardsDataScience作者：Vihar Kurama参与：刘晓坤、许迪R 语言是结合了 S 编程语言的计算环境，可用于实现对数据的编程；它有很强大的数值分析工具，对于处理线性代数、微分方程和随机学的问题非常有用。通过一系列内建函数和库，你可以用 R 语言学习数据可视化，特别是它还有很多图形前端。本文将简单介绍 R 语言的编程基础，带你逐步实现第一个可视化案例。代码地址...阅读全... 阅 读 全 部 >
R语言中的列表与R语言中的向量、数组和矩阵不同，它的每个分量的数据类型可以是不同的。列表是对象的集合，可以包含向量、矩阵、数组，数据框，甚至是另外一个列表，且在列表中要求每一个成分都要有一个名称。列表中的对象又称为它的分量（components）。创建列表在R语言中可以使用list()函数来创建列表，其语法格式为：list(name1=object1, name...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
标准地图象征着国家主权和领土完整。作为非地理信息专业但又要在研究过程中涉及地图绘制的政治学专业学生，我们 必须在绘制中国地图并用作公开学术发表/出版时格外注意。诚然与需要付费才能使用的地理信息软件ArcGIS相比，免费、开源的R软件结合相对强大的tidyverse和sf等包在处理一些地理信息数据的可视化时可以不落下风，但是由于现有可供R软件读取的很多地图json/shp文件都由外国作者创作，...... 阅 读 全 部 >
当我开始使用R时，像任何初学者一样，我想要一个真正能够工作的代码和一个最低限度可理解的图像，并且很长一段时间这是我的主要目标，但是一旦这一点完成后，我意识到我的可视化看起来很糟糕，特别是在比较和审查其他博客和网站之后，我开始搜索如何改进我的可视化。下面，创建一个简单且专业的图像的一些技巧，以吸引读者的注意力。01 创建可视化让我们开始一个简单的可视化，来自diamonds数据集的直方图。1.1 包... 阅 读 全 部 >
因子在R语言中可以用来表示名义型变量或有序变量。名义变量一般表示类别，如性别，种族等等。有序变量是有一定排序顺序的变量，如职称，年级等等。在R语言中，名义变量和有序变量可以使用因子来表示。创建因子在R语言中可以使用factor()函数和gl()函数来创建因子变量。（1）使用factor()函数factor()函数的语法格式为：f <- facto...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
把病理切片裂解制备成单细胞悬液，得到了“是什么”，却丢失了“在哪里”。如何兼得类型和位置信息呢？follow me 跟小编一起解开空间转录组技术的面纱吧。在生命科学研究的道路上，历经了多组学联合覆盖“面“的，单细胞技术涉及“点“的研究历程，为了更加深入的对生命机制，疾病机理等研究，科学家不断发明新的技术，丰富新的维度，空间转录组技术也由此得到了很大的提升，操作上由繁至简，技术上由少...阅读全文&... 阅 读 全 部 >