2023 05-27 这四个网站了解一下,让你轻松预测相互作用蛋白! 蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成,参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。在进行基因机制研究中,寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程,寻找未知蛋白充满艰辛,而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究拓展思路,提供方向,让我们在科研道路上更加轻松。下面就为大家推荐四个可以用来预测相互作用蛋白的网站!一:STRING网站1.STRI...... 阅 读 全 部 >
2023 05-20 3分钟带你看懂代谢组学研究中常用的“套路” 上一周谷君给大家介绍了“”,获得了大家的广泛好评。但是懂行的人都知道,代谢组学的研究纷繁复杂、种类繁多,实验得到的数据量也相当惊人。那么如何在代谢组学的研究中理出头绪呢?今天谷君整理了一些常用的“套路”,希望能够给大家一些启发。一:代谢组学分析流程一般来说,代谢组的分析流程有:首先将代谢组分进行预处理, 预处理的方法由测量分析方法决定,如使用质谱方法分析,则需要预先对代谢...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023 05-15 手把手教你从转录组数据中筛选关键基因 转录组分析最重要的目的之一就是筛选候选基因,那怎么从海量数据中筛选目的基因成为大家的困惑。这里小编经过归纳总结得出了下面的三种方法: 筛选关键基因的方法有3类:1.表达量﹢功能富集2.表达量﹢实验3.表达量﹢序列根据上面的三种方法不难看出,筛选关键基因的核心是表达量,其实转录组的核心就是以表达量为核心展开其他分析的,然后再附加其他一些信息,找出目标基因;最后将分析结果与研究目的巧妙融合,如果再做一... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 单基因的生信分析和实验验证,过5分很容易!? 撰写:生信大师兄 来源:小张聊科研平台的“ i生信”公众号,微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信发文# #科研热点# #单基因#今天我们分享一篇文章,看单个基因的研究发到5分以上的期刊,需要做哪些工作。文章是2023年1月发表在Comput Biol Med期刊上的研究:Identification and analysis of C17...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 4+无代码纯生信:基因家族套路解析 2021年新的开始,现在还能靠纯网页分析发高分生信吗?答案是:YES!今天给大家介绍的是去年9月份发表在 frontiers in Oncology (IF=4.848)的一篇文章,主要内容是基因家族chromobox在结直肠癌中的预后价值及免疫浸润的综合分析。 这篇文章里运用到网页工具如下:Oncomine、Gene Expression Profiling Interactive Analy... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 带你一网搞定基因间错综复杂关系 在分子机制的研究中,寻找基因间互作网络是非常重要的。基因间的关系,又可分为蛋白与蛋白之间,蛋白与 DNA之间的相互作用、通路、生理生化反应、共表达、共定位等等。下面介绍一下GENEMANIA数据库,你想知道的数据全都有,网址 http://genemania.org/1打开网址页面如下,首先在网站左上角,有一个搜索栏2输入你想查询的基因名称,点击前面的图标可以选择物种3点击搜索后,可以看到如下界面... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 基于短核苷酸序列频率构建细菌系统发育树 目前,原核生物的系统发育分类依赖于16S rRNA基因序列,这种序列在细菌中广泛存在且高度保守,但即使16S rDNA测序的结果显示某些细菌间序列相似性≥99%,但它们仍然不能被归为同一物种。因为基因序列中的一些保守区域并不一定代表真正的进化历史,水平基因转移也可能会影响分析结果。为此研究人员开发了一种方法,并为该方法创建了一个web应用程序Phy5,以及它的命令行版本Phy5cl...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 TCGA RNA-seq数据更新后的下载与读取 1.TCGA RNA-seq数据更新情况2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_R... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 甲基化分析实战,将你的数据用在刀刃上! 2020年4分+甲基化生信文章复现领悟生信文章逻辑之美,小伙伴们大家好呀,我是风间琉璃。上一周我们品读了2020年10月发表在《Frontiers in oncology》杂志上的文章“ A Novel Promoter CpG-Based Signature for Long-Term Survival Prediction of Breast Cancer Patients”。作者使用CHAM... 阅 读 全 部 >
2023 05-14 这篇最新二区7分 +SCI太牛了!平平无奇,零代码就能搞定?到底好在哪里 ? 今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志,影响因子高达7.5分!题目是: Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目:肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >