2023
04-16
04-16
分享8个非常实用但是名气不大的软件
分享8个非常实用但是名气不大的软件1、uToolsuTools是一个非常强大的生产力工具箱软件，它自由集成了丰富的插件，可以快速匹配场景功能，用完即走。uTools优秀的插件化设计，让你可以自取所需，任意组合。插件一般仅数百KB大小，简洁美观、没有广告，解决你问题的，一个插件即可。uTools作者将此软件设计为”一切皆插件“的插件化工具，所有的功能均可通过插件实...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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2023
04-16
04-16
值得推荐的13款电脑实用软件，第4款堪称全能王者
以下13款免费实用软件，全都是自用推荐，使用时长0.5-3年不等！第4款和第5款，简直不要太全能，一个抵千个！一、系统工具1、清理工具Glary Utilities一款简洁但强大的系统清理与优化工具，能够修复、增强、清理以及保护你的电脑。支持的功能有：一键清理电脑垃圾、注册表修复和清理、修复无效的快捷方式、重复/空文件查找、卸载电脑软件、进程管理、系统...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
04-15
04-15
3D基因组浏览器：一种功能强大的基因组研究工具
背景知识：哺乳动物的三维（3D）组织基因组在基因调控中起到重要作用，如增强子对靶基因具有很强的调控作用，拓扑关联域(TADs)是哺乳动物基因组组织的基本单位。Hi-C, ChIA-PET, Capture-C, Capture Hi-C, PLAC-Seq and HiChIP等染色体构象捕获技术的出现，使基因组空间组织的研究越来越得到重视。因此大量的染色体互作数据不断增加，如何高效快速的...阅... 阅 读 全 部 >
2023
03-26
03-26
cBioPortal—癌症基因组学可视化利器
前言随着测序技术的发展，一些大规模的癌症基因组项目，例如癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas ,TCGA）和国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ,ICGC）收集了大量多维度的癌症基因组数据，同时这也给癌症基因组数据的整合、研究和分析带来了更大的挑战。因此，今天给大家介绍一款比较经典且好用的综合性数...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
03-26
03-26
干货来啦！肿瘤生信挖掘必备数据库大合集！看这篇就够了！
TCGA生信挖掘必备数据库合集小伙伴们大家好，肿瘤相关的生信文章绝大多数离不开TCGA数据库（ https://portal.gdc.cancer.gov/）。但新手小白们可能对这个网站中的数据无从下手，或者仅仅知道寥寥几个相关网站还没能探索到相关的神奇功能。那么，我就来为大家总结一下TCGA生信挖掘必备的数据库合集吧！ 最权威的网站资源1.cBioPortal（http://www.cbiopo... 阅 读 全 部 >
2023
03-25
03-25
#数据库酷#TCGA数据分析利器—cBioPortal介绍
数据集为“2012年TCGA发表的乳腺癌的研究”；分析类型，确定数据分析类型，以突变数据、拷贝数数据和表达数据为例；检索的基因，以“ERBB2”为例。点击Submit后会得到如下结果。OncoPrint页面显示的是检索的基因在所有样本中的突变、拷贝数、表达情况，如ERBB2在463个乳腺癌样本中发生变化的样本数目是89个，其中图中一个小竖条代表一个样本。把鼠标放到某个样本上可以显示更多信息，点击其... 阅 读 全 部 >
2023
03-02
03-02
HACER human增强子数据库的示例分析
今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。与其...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
03-02
03-02
人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解
这期内容当中小编将会给大家带来有关人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-01
03-01
SEdb:超级增强子数据库简介
增强子作为基因组上的顺式作用元件，在调控网络中发挥重要作用。随着研究的不断深入，科学家提出了超级增强子super-enhancer的概念，将基因组上富集了增强子的区域定义为超级增强子。类似于将富集CpG位点的区域定义为CpG岛，这种将富集某种元件的区域单独定义并进行研究的思想在生物学领域非常常见，体现了不同元件功能层次的多样性，由单个位点到一组位点，这种功能研究的层次性也对应了生命...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
01-29
01-29
gget: 一款强大的基因组参考数据库的高效查询工具
开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。gget文章...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >