一、 工作空间工作空间，意味着，所有R的程序文件、数据集、其他相关资料都保存在某一个文件夹下面，十分方便提取。在一个R语言程序结束后，工作空间可以保存它的映像，在下次启动R时，该工作空间，包括历史代码就会自动重新加，非常方便。但没次使用的包需要重新加载。1.设置工作空间方法一，采用setwd()语句，设置工作空间，设置的文件夹需事先在硬盘中建立，R语言无法创建新的文件夹。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他们。is系列是判断某一个...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
tidyr包 用来处理宽数据和长数据，用来进行字符串变量的拆分和合并，在医学大数据领域用的较多，有兴趣的朋友可以了解下。本文将演示tidyr包中下述四个函数的用法：1. gather—宽数据转为长数据。2. spread—长数据转为宽数据。3. unit—多列合并为一列4. separate—将一列分离为多列tidyr包安装及载入i...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
俱往矣，数风流人物，还看今朝！从今天开始，R语言数据清洗或者叫做数据预处理的大幕正式拉开！众所周知，在现实工作中，我们面临的几乎所有数据都是脏数据，即乱七八糟的数据，要让这些数据发挥价值，就必须要对其进行整理、修饰，让其变成一个软件可接受，可识别的整洁数据。当然了，100个数据科学家就会有98个说，数据清洗最费时间费脑子。这是可想而知的，因为数据的读取与分析这都是固定的套路，唯有数据的清洗不固定，... 阅 读 全 部 >
文章目录1. R自带函数2. reshape2数据重构3. dplyr4. tidyr5. 字符串处理1. R自带函数1.1 转置使用函数t()可对一个矩阵或数据框进行转置，对于数据框，行名将变成变量（列）名。数列array进行维度转换 aperm1.2 整合数据aggregate在R中使用一个或多个by变量和一个预先定义好的函数来折叠（collapse）数据。调用格式为：其中x是待折叠的数据对象... 阅 读 全 部 >
主成分分析（PCA），是考察多个变量间相关性的一种多元统计方法，研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构，即从原始变量中导出少数几个主成分，使它们尽可能多地保留原始变量的信息，且彼此间互不相关。图1 主成分分析得分图在生物医学领域，生物样本存在于一个复杂的系统，容易受各种环境因素及自身基因、代谢等因素的影响，变量非常多。PCA可以从复杂的数据中找到最主要的元素，去除...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
不少科研工作者，包括在读的博士生、研究生等可能都有这样的体会：千辛万苦得来的实验结果，不知道该如何展现给别人？曾经有位论文审稿人在自己的博文中就写道：“我审稿时看稿件的顺序是题目、摘要、图表、前言、参考文献和正文”。可见论文中图片的质量是非常重要的，处理一张图可能会花费大量的时间，图片质量的好坏一定程度上决定了论文能否被录用。而反过来，仔细分析大牛们的文章，不难发现，这些...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
在Seurat的输出结果中，有一个展示表达量变化最大10个基因的图表令人印象深刻，如下图。关于该图表的具体内容参考之前 《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》 一文。那么，常规散点图能不能画成这样效果？ 如果仍然使用针对单细胞数据高度定制的Seurat，显然是非常麻烦的。而使用ggplot2绘制类似这样的多标签图表，又容易出现“数据标签重叠”、超出绘图区域的标签“显示不全“和邻近数据... 阅 读 全 部 >
huanying今天给大家分享一个非常棒的玉米转录组的流程分析。原文作者是cxge，首发于omicshare论坛，阅读原文可跳转至本文的帖子哦~软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
R语言非常讲究数据的整理，我们在7-13天的R语言学习内容中，着重都是关于R语言的整理，各种方法对数据进行整理，查看，对变量进行转换。dplyr包，主要也用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度。这个包对数据处理的方式相对之前的方法，更加简单，是医学数据分析必须要掌握的包。dplyr包存在着上百个函数来帮助进行数据的整理，由于篇幅的关系，本...阅读全文&... 阅 读 全 部 >