2023 08-18 离谱!常规分析能发上12+SCI?每个生信人都值得学习!(附代码) 跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好,我是阿琛。在前面讲解的内容中,我们学习了数据的预处理,构建Seurat对象,以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来,我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示,以及GSEA分析。可以看到,在图中,图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序,包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
2023 06-18 使用R语言的正确姿势,R包干货奉献 来源 | R友舍先思考,后动手,能让你减少很多无谓的功夫,加快完成任务的效率。按照一定的逻辑思路来行事,更是如此,比如按照一定的通用流程在数据科学项目中使用R语言。数据导入数据整理数据可视化数据转换数据建模统计推断【下面列出每个步骤最有用的一些R包】1.数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据:·feather:一种快速,轻量级的文件格...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 04-22 LDHEATMAP包的使用 由于文章的需要,需要对LD block进行修改,之前是用HaploView进行绘制的,但是调整不了出图参数,故尝试使用R包LDheatmap重新绘制。首先是LDheatmap的安装,由于其依赖包 snpStats在Bioconductor 上,故先安装该包,再安装 LDheatmapif (!requireNamespace("BiocManager",...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-15 工具篇 | 这个R包,让你迅速提升SCI文章的逼格! 撰写: 小高 来源:小张聊科研平台的“ i生信”公众号,微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具,基因表达受到多种机制的调控,包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰,这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022 12-25 大佬们的柱形图还能怎么玩?看看这块华夫饼! 关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述,通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是,在当下内卷的科研环境中,普通的柱形图和条形图显然不够看,那么如何让自己的柱形图更加出彩呢?之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法,详细可见推文:《给你的柱形图“烫个头”,跟上科研大佬们的时尚步伐!》 ...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 12-02 R语言可视化学习笔记之ggpubr包 作者简介Introductiontaoyan:伪码农,R语言爱好者,爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了,ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 11-18 这个小清新统计可视化工具太赞了~~ 来 源:DataCharm/作 者:宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot,本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍,但随着对这个工具的学习,还是决定现在就推荐给大家。好了,话不多说,我们直接开始,今天推文的主要内容如下: R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包,s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-18 R语言可视化学习笔记之ggridges包绘制山峦图 作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate | 诺奖文章里面的动图绘制教程来了!!ggplot2学习笔记之图形排列 R包ggseqlogo |绘制序列分析图 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)简介ggridges包主要用来绘制山峦图。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-18 大佬们的柱形图还能怎么玩?看看这块华夫饼! 关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述,通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是,在当下内卷的科研环境中,普通的柱形图和条形图显然不够看,那么如何让自己的柱形图更加出彩呢?之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法,详细可见推文:《给你的柱形图“烫个头”,跟上科研大佬们的时尚步伐!》...阅读全... 阅 读 全 部 >