在Seurat的输出结果中，有一个展示表达量变化最大10个基因的图表令人印象深刻，如下图。关于该图表的具体内容参考之前 《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》 一文。那么，常规散点图能不能画成这样效果？ 如果仍然使用针对单细胞数据高度定制的Seurat，显然是非常麻烦的。而使用ggplot2绘制类似这样的多标签图表，又容易出现“数据标签重叠”、超出绘图区域的标签“显示不全“和邻近数据... 阅 读 全 部 >
huanying今天给大家分享一个非常棒的玉米转录组的流程分析。原文作者是cxge，首发于omicshare论坛，阅读原文可跳转至本文的帖子哦~软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
R语言非常讲究数据的整理，我们在7-13天的R语言学习内容中，着重都是关于R语言的整理，各种方法对数据进行整理，查看，对变量进行转换。dplyr包，主要也用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度。这个包对数据处理的方式相对之前的方法，更加简单，是医学数据分析必须要掌握的包。dplyr包存在着上百个函数来帮助进行数据的整理，由于篇幅的关系，本...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2020年4分+甲基化生信文章复现领悟生信文章逻辑之美，小伙伴们大家好呀，我是风间琉璃。上一周我们品读了2020年10月发表在《Frontiers in oncology》杂志上的文章“ A Novel Promoter CpG-Based Signature for Long-Term Survival Prediction of Breast Cancer Patients”。作者使用CHAM... 阅 读 全 部 >
新年第一问，你的标书写好了咩！！！马上3月20号就要结束申报了标书写的如何呢看大家过年都在埋头写写完我帮你看看吧临阵磨枪不亮也光赶在Deadline前交标书可以在联系小助理哦(*^__^*)以下是国自然申报书写万能模板 （来源网络） 报告正文A(一)立项依据与研究内容1、项目的立项依据XXX疾病及其研究进展XXXX疾...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
小助理说：今天是你学习R的第4天，每一串代码都有它故事，从bug制造机到修改高手，你的每一步都是在成长。预计阅读时间3分钟文章目录1 按行操作1. 1 过滤1.2 排序1.3 添加新行2 按列操作2.1 过滤2.2 添加新列2.3 变量重命名3 管道操作通常我们将EXCLE表格或者分隔符分割的文本文件导入R中进行处理，这些数据在R语言称为数据框也可以叫做数据集，数据框中的行、列也分...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于bin的分析方法。二、分析流程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA 或 RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。病毒是地球上丰度最高的“生物”类群，它们广泛地存在于所有已知的生态环境中，从水体，土壤再到人体，病毒无处不在。病毒能够感染所有已知的生物类型，从动物、植物到微生物，包括细菌和古菌。人体内的病毒主要包括真核病毒和噬菌体，按核酸类型，可分为双链DNA（double-s...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。宏基因组学通过对微生物群落全部DNA进行高通量测序，将测序序列与公共数据库进行比对或从头组装出微生物基因组，从而识别微生物群落的物种和功能基因。目前主流的宏基因组数据分析方法包括三种：基于测序结果进行组装的分析方法；基于reads直...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于组装的分析方法。二、分析流程介...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >