你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！

你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！

你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧

预计阅读时间4分钟

。。。。。

刚来的小伙伴不要慌了哈，小助理选的一直是同一篇论文

只不过用的是不同方法进行复现

一千种方法练一次

不如一种方法练一千次

进步的第一步就是敲下文章里面的代码

。。。。

以下就是复现过程，跟着文章走，他山之石可以攻玉，没准儿一不小心你就会了呢?

论文：

文章目录

• 1.STRING数据库
• 2.PPI网络构建
• 2.1 输入差异基因list
• 2.2 PPI图
• 2.3 保存结果
• 3.cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
• 3.1 输入“string_interactions”文件
• 3.2 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
• 3.3 生存分析
• 3.4 用MCODE插件，筛选功能模块

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1.STRING数据库简介

string(search tool for the retrival of interacting genes/proteins)

基因、蛋白质相互作用关系检索工具

网址：string-db.org

简单来说：

String数据库通过文献内容管理，

来提取实验数据得出的蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)。

它能够帮助用户轻松获取独特的，覆盖范围广的实验以及预测的相互作用关系信息。

string提供的相互作用关系主要基于confidence score（可靠指数），以及其他附属信息，比如提供蛋白质域和3D结构 。

• string目前的9.1版本，包括1100+个物种的5200+万蛋白质
• 联合开发的机构包括：CPR,EMBL,SIB,KU,TUD,UZH

。。

大背景：我们为什么要寻找蛋白质互作关系？

因为只有正确地发现和注释细胞中的所有功能性的相互作用关系，才能对细胞的功能进行系统层面的学习和理解。大家在收集和展现蛋白质相互作用的信息上，一直在努力地跟上相互作用关系探索的步伐。

近年来，无论是在实验观测和计算机预测技术都得到了显著的进步。但是蛋白质相互作用的信息比较容易出错，而且相当大的工作量来进行注释。

。。

String优势

1.string数据库完全是预先计算好的，无论是在高层次的网络中，还是单个相互作业关系记录的界面，所有的信息都可以被迅速获取。

2.它还支持单独选择各种证据类型，这样能够在运行的时候进行定制的搜索，同时也会有专门的查看器来对所有的关联证据进行查看。

3.该数据库是一项探索性的资源：它比基本的相互作用关系数据库包含了更大的关联数据--尽管是有不同的可能值。

4.因此，它最好被用于快速、初步地获取要查询的蛋白质的功能合作伙伴，尤其是对那种还没能很好的表征的蛋白质。

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2.PPI网络构建

2.1 输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”

继续

2.2 PPI图

2.3 保存结果

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3. cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

3.1 输入“string_interactions”文件

3.2 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因

下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序

- End -

最后编辑：2022-06-28

作者：萌小白

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