撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图（线范围图）、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少，一般都是作为图表的辅助信息，但是如果能恰到好处的使用，你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》 ...阅读... 阅 读 全 部 >
火山今始见,突兀蒲昌东。——岑参《经火山》 大家好，我是阿琛。当我们通过分析得到基因在不同分组中的表达情况，以及显著上调或下调的差异基因时，如何将该结果进行可视化展示随之出现。在生信分析中，火山图和热图是两种最为常见的展示方法。火山图，Volcano Plot，因其形状类似喷发的火山而得名。1.R包得安装与读取首先，自然是R包的选择与安装。经过多期内容的讲解，相信大家对于R语言绘图也基本有了一个基... 阅 读 全 部 >
Thomas Lin Pedersen简直是个天才，最近patchwork动作很大，看到我都准备转投它的怀抱，把旧爱cowplot给扔了。我们知道patchwork一出来，就推出+号来拼图，最近又搞出了|和/两个操作符。让整个拼图看起来很舒服。先来画几张图：library(ggplot2)p1 <-ggplot(mtcars) +ge...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂上次提了下theme(),本文将专门讲解一下。凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，ggplot2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。正如R语言大神Hadley Wickham..... 阅 读 全 部 >
给直方图和线图添加误差棒 准备数据这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。library(ggplot2) df <...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：dwzb，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/Data-AnalysisR第一篇戳：第二篇戳：R|ggplot2(二)|覆盖柱状图各种需求引用一句Hadley在ggplot2网站上的一句话A layer combines data, aesthetic mapping, a geom (geometric object), a stat..... 阅 读 全 部 >
taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大课堂绘制带有误差棒的条形图library(ggplot2)#创建数据集df <- data.frame(treatment = factor(c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3)),response = c(2, 5, 4, 6, 9, 7, 3, 5... 阅 读 全 部 >