在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >
为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
为了深入探究物种进化、基因表达调控等生物学问题，组装一个高质量的参考基因组显得尤为重要。在进行基因组组装前，通常会借助Survey分析初步了解基因组的特征。那么，一张不起眼的Survey图究竟暗藏着怎样的玄机呢？下面，小编将与大家一起来揭秘！如何进行Survey分析？提到基因组Survey分析就不得不提K-mer评估，这是目前最常用的基因组Survey方法。所谓K-mer，是指从一...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
宏基因组组装有两种常见策略，一种是基于序列overlap关系进行拼接，代表软件有Omega；另一种就是基于de Bruijn图进行组装。基于序列overlap策略组装所要求的序列长度都比较长，因此这种策略更有利于跨越短重复序列，降低宏基因组中复杂的重复序列因素带来的干扰，参见上一篇文章《为什么宏基因组组装比一般的组装困难?》。由于现阶段的主流测序方法是二代短片段测序，序列短而且数目庞大，如果利用o... 阅 读 全 部 >
今天小编将与大家一起分享云平台里的微生物基因组数据上传指南，一起学起来吧~BioProject ID 的获得1.在 NCBI 主页右上角（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）My NCBI 登录系统中创建新的账号（已有就不需要），点击 Register for an account 创建账号：2.登录 BioProject（https://submit.ncbi.nlm.n... 阅 读 全 部 >
论文发表说到底是一种学术交流的方式，但是传统的发表方式也有着一些弊端，比如从成文到同行评议到网上发表排版付印，极有可能花费几个月的时间。随着新冠疫情的发展，预印本网站被大家所熟悉，通过预印本网站快速发布自己的文章，更利于交流，也同时相当于将自己的idea 固定下来占个坑位。今天给大家总结一下影响力最大的六个预印本网站，方便大家查询投稿。1 、arXiv（网址：https://arxiv.org/ ... 阅 读 全 部 >
上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列（Ensembl篇），这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写。与专攻基因组检索的Ensembl不同，NCBI数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
不知各位小伙伴是否有过这样的体验：拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话：由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
所研究物种是否有可用参考基因组是做转录组测序之前需要确认的第一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。有参转录组项目会将测到的转录本序列直接比对到参考基因组，以确定基因信息；无参的话，我们就需要借助拼接软件，获得unigene集后去做注释来获得基因信息。基因组只有序列信息可以做为转录组测序的参考基因组吗？答案是不能哦！转录组测序的参考基因组不仅需要有序列信息，还要...阅读全文&... 阅 读 全 部 >