2022 11-20 CHIP分析qc解读报告链接 QC ReportgeneralReport generated at2021-01-13 22:36:11TitleDemo-H3K27me3DescriptionThis is a input JSON for Demo-H3K2...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-20 (mRNA)转录组测序及分析报告 转录组测序及分析报告项目信息合同编号:DEMO-2021-01-29-xx客户姓名:Client-name客户单位:Unit-address1. 分析流程1.1. 建库测序流程从RNA样品提取到最终数据获得,样品检测、建库、测序等每一环节都会直接影响数据的数量和质量,从而影响后续数据分析的结果。为从源头保证测序数据准确可靠,在数据的所有生产环节都严...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-20 项目名称:mRNA实验建库流程与分析流程(polyA 建库) 技术服务描述建库流程从RNA样品提取到最终数据获得,样品检测、建库、测序等每一环节都会直接影响数据的数量和质量,从而影响后续数据分析的结果。为从源头保证测序数据准确可靠,在数据的所有生产环节都严格把关,从根源上确保高质量数据的产出。建库测序的流程如下所示:Total RNA 样本检测RNA 富集双链c...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-19 Chip差异Peak分析结果及报告 1. 概述1.1. 背景及分析流程简介为了理解细胞中更为复杂的生物过程,许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件(例如各种治疗条件,几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平)下的转录因子结合,组蛋白修饰的差异。差异富集在生物学和医学研究中已变得具有实际重要性。为了建立对比条件消除误差,我们对数据进行了以下流程处...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2022 11-19 Call Peak 流程简介 对于ChIP-seq实验,我们从比对文件中观察到的是链的不对称性,其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布,并与背景(输入或模拟IP样本)进行比较,以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2,一个基于模型分析的,常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 11-19 Chip-seq分析流程 流程的一些关键点分析:我们的Peak是如何找出来的?Callpeak的流程(MACS2) 1. 质控 (quality control)首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 10-05 GSEA分析怎么用,看看这些用户文章你就知道! GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)即基因集富集分析,该方法最早于2005年由Broad Institute研究所发表在PNAS杂志上,并提供了对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库,截止到当前已被引用3万多次。通过KEGG、GO富集分析,我们能够获取差异基因显著富集的通路和功能,及其对表型变化的潜在作用。但无法帮助我们知晓某条通路下差异基因的总体变化趋...阅读... 阅 读 全 部 >
2022 10-04 【一作解读】大样本转录组学怎么发高分文章 发表期刊:Plant Biotechnology Journal发表时间:2020年7月12 影响因子:8.1研究内容:棉花花芽分化研究对象:两个早熟品种,两个晚熟品种;每个品种6个时期研究方法:转录组测序研究题目:高分辨率时空动态转录组揭示陆地棉中GhCAL介导的开花调控途径前言陆地棉( Gossypium hirsutum L.) 是世界上最重要的纤维作物。在我国黄河流域和长江流域棉区,实现早... 阅 读 全 部 >
2022 10-04 单细胞测序:实验设计和分析方法二 尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用,但这种方法只能获得平均基因表达水平,有时候会掩盖,甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是,随着高通量测序技术的迅速发展,我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积(bulk)RNA测序相比,单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同,但也有它不一样的特征:起始RNA极其稀少、分辨率高(resolution,即存在大量的基因有0..... 阅 读 全 部 >