从小白的角度，一刻钟复现生信套路各位小伙伴大家好，这里是美丽专栏。前面两期，我们复现了两篇非肿瘤生信文献，今天，我们继续开展非肿瘤文章的复现。话不多说，开始今天的复现之旅吧。往期传送门 TCGA+GEO单基因生信SCI，15分钟手把手带你复现（内附详细操作教程）最简配的2区生信SCI长啥样？360度无死角让你彻底搞懂，复现！思路原理都在这里了！建议收藏！（附详细操作过程） 别不信！近...阅读全文... 阅 读 全 部 >
今天给大家带来的复现比较经典文章是来自2区的Frontiers in Immunology杂志，影响因子高达7.5分！题目是： Hepcidin Upregulationin Lung Cancer: A Potential Therapeutic Target Associated With Immune Infiltration要素拆解题目：肺癌中铁调素升高可以作为潜在的免疫相关的治疗靶标 疾... 阅 读 全 部 >
日前，Nature Communications 发表了来自军事医学科学院放射与辐射医学研究所研究员周钢桥课题组关于肝癌的最新研究。研究利用单细胞转录组测序绘制了原发性及转移性肝癌单细胞图谱，揭示了肝癌微环境的免疫细胞群体的构成并评估了慢性 HBV/HCV 感染与 T 细胞浸润和耗竭之间的关系。同时，研究还发现一群与肝癌进展及转移密切相关的 MMP9+ 肿瘤相关巨噬细胞（TAM），在...阅读全文... 阅 读 全 部 >
期刊：Theranostics技术：单细胞测序研究背景慢性牙周炎是由牙周组织的慢性炎症组成的常见疾病，它是一种在人类中非常普遍的疾病，影响全球约20%-50%的人口。慢性牙周炎可使个体易患全身性疾病，例如心血管疾病、糖尿病和阿尔茨海默病，以及胃肠道疾病和不良妊娠结局。牙周炎治疗的主要目标是控制消息和炎症，阻止牙周组织破新，防止牙槽骨丢失。在牙周炎进展过程中，大量...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
种数据挖掘文章本质上都是要把目标基因集缩小，比如表达量矩阵通常是2万多个蛋白编码基因，不管是表达芯片还是RNA-seq测序的，采用何种程度的差异分析，最后都还有成百上千个目标基因。如果是临床队列，通常是会跟生存分析进行交集，或者多个数据集差异结果的交集，比如：多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包 ，这样的基因集就是100个以内的数量了，但是仍然有缩小的空间，比如lasso等统计学... 阅 读 全 部 >
基因Panel 常称之为“基因包”，也可以称之为“基因组合”，商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。就 基因Panel 本身来说，其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个 Panel，几十个基因也可以是一个 Panel，几百成千上万个基因也可以是一个 Panel。就 Panel大小来说，不仅需要看检测基因的数目，还需要看基因所覆盖的区域大小。经过近百年的努力直至近年来...阅读全... 阅 读 全 部 >
大肠杆菌和金黄色葡萄球菌是引起奶牛乳腺炎的主要病原体，前者可引起强烈的免疫炎症反应而促进自愈，后者则通常缺乏炎症反应。目前对金葡菌抑制免疫反应的机制研究尚且不足。近期，浙江大学动物病理实验室谭勋老师团队在 Cells 期刊发表了题为“大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 通路导致牛乳腺上皮细胞发生不同免疫炎症反应”的文章。研究团队采用转录组学分析后发现，大肠杆菌和金葡菌差异调控 Nrf2 ...阅读... 阅 读 全 部 >