2023 01-13 果然全面:ATAC-seq分析流程综述全解 表观遗传学领域的研究是近年来生命科学领域的热点之一,高通量测序技术的进步提供了各种破译表观遗传学图谱的方法,其中包括研究染色质可及性的ATAC-seq。2013年Buenrostro J.D.等[1]发表ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)技术,由于起始细胞数要求低(大... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtools—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq简介ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性(通常也了解为染色质的敞开性)的办法, 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:用MACS2软件call peaks—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)ChIPQC—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq分析教程:用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq分析教程:用网页版工具做功能分析和motif分析—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq分析教程系列ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq分析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析—科研必备表观遗传学知识 一、根底知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序办法1. 探究染色质的敞开性(chromatin accessibility)ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencingDNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencingFAIRE-s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022 12-31 ATAC-Seq分析教程:重复样本的处理-IDR—科研必备表观遗传学知识 前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复(非常珍贵或者稀有样本除外,但有必要做至少2次技能重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏?怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法:1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >