本篇为植物circRNA系列文献阅读第三篇，接下来几篇内容都将围绕模式植物拟南芥circRNA数据型文章报道，通读以后能够快速了解不同的circRNA数据常规分析流程。今天分享的文章题目为：Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana，文章链接为 https://doi.org/10.3389/...阅读全文... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。一、cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)技术概述在⼈类基因组中，90%以上的CpG位点是被甲基化的，CpG位点的分布有两种形式，⼀种是少量分散在基因组中，另⼀种就是集中在启动⼦周...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全基因组测序（Whole Genome Sequencing），简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。所谓全（Whole），指的就是把物种细胞里面完整的基因组序列从第一个DNA开始一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来并排列好。因此这个技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。这种从头测序和组装通常应用于没有参考基因组可用或可用参考质量较差的生物体。之前未测序的基因组...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
最早接触PCR是在做科创和本科毕业论文相关实验的时候，通过扩增野生型菌株和突变体菌株的某个基因，然后通过AS-PCR方法，设置温度梯度，筛选一对能够区别S和M菌株的特异性引物。那个时候对PCR有一个大概的影响，其实在操作方面是没什么问题的。但是仔细想起来，和其他实验一样，都是一知半解，对PCR亦是如此。因此，我觉得有必要重新学习一下PCR相关的各种技术和原理。第一部分——PCR原理及各种衍生技术【... 阅 读 全 部 >
偶然听说别人做的转录组和你知道的那个mRNA测序不太一样，都是转录组，他们好像讨论的是lncRNA、miRNA、cricRNA，这么多种类的RNA数据，竟然还是测一次就都有的了，怎么办到的？这其实做的是全转录组测序。全转录组是特定细胞在某一状体下所有转录产物的集合，就包括了上述提到的编码和非编码RNA等。大家都不是小孩子了，基迪奥知道你也想全都要。在你着急送样马上想有全转录组数据之前，先来了解一下... 阅 读 全 部 >
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
早在1991年，一位来自法国的生物学家Michelmore首次将BSA技术应用到莴苣的霉病抗性基因位点的验证之中，他利用RFLP和RAPD两种标记对两个不同抗性的莴苣混合样本进行探究，根据不同混池样本的RFLP和RAPD凝胶电泳成像结果，最终找到了3个与霉病抗性基因紧密相关的标记[1]，这一结果标志着BSA的“诞生”，由此拉开了BSA的序幕。高通量测序技术的不断发展，推进了BSA技...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
技术简介BSA（Bulked Segregant Analysis），又称集群分离分析法或混合分组分析法，针对目标性状，选择表型极端差异的亲本构建家系，同时对两亲本和该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个混池进行全基因组重测序，检测到的两混池间DNA差异片段即为候选区域，并注释该区域基因，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状在基因组上进行定位。随...阅... 阅 读 全 部 >
想要做性状定位，家系群体、自然群体傻傻分不清楚？单性状、多性状无从下手？BSA、遗传图谱、GWAS不知该如何选择？不要着急，今天小编为大家带来性状定位干货分享，教大家正确选择适合自己研究的性状定位方法。►BSA性状定位（Bulk Segregate Analysis, BSA），指利用混池分组分析法，对家系群体目标性状表型极端的子代分别混合...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >