第一节：开放数据库Dryad在临床研究领域中的应用第二节：Dryad在心血管疾病研究领域案例分析作者：王晓燕1 白英楠2 戴启盈3 赵公双41.复旦大学中山医院，心内科2. 复旦大学中山医院，心内科3. Metrowest Medical Center, Framingham, MA, USA4. 沈阳军区总院，心内科第一节 开放数据库Dryad的使用1. Dryad数据库...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
搞生物、基础医学同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。如果你对这些不了解，那就听师兄给你一一道来。下面的内容比较多，平时可以将下面的内容作为目录来收藏，权当做工具辞典来用。长话短说，切入正题。1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在科研领域“升级打怪”，怎能少了生物软件，以下是生物软件兵器库，任君挑选！1. 三维分子RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exome sequencing找variant，一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析。要run GATK，首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/gatk/)。一.准备工作...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
好的图形展示方式能够简明扼要地表达数据，而好的配色一方面能够突出数据的重点，另一方面能够使所有的数据和谐共存。好的配色是图的二次进化，能够赋予图片“生命”。1，日常生活中使用的颜色日常生活中，我们经常提到各种颜色，例如赤橙黄绿青蓝紫，中国红，香蕉黄等，一般用来定性描述物体的颜色属性，不够精确，例如，红色，是红绿灯的红色，还是苹果的红色？所以一般不在科技论文中使用。2，RGB配色方案最常用的颜色方案... 阅 读 全 部 >
你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！复现？怎么复现？先来看一下某乎上的回答。有道理有道理，感觉也不是很难的样子对不对，聪明的智商又重新占领高地了，此刻我就是华佗再世扁鹊附体，复现没在怕的，摩拳擦掌，跃跃欲试，开整！结果一顿操作猛如虎，代码也写了，夜也熬了，怎么和我想象中的不一样！！！e...... 阅 读 全 部 >
撰写：橘子 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末大家好！今天我们来介绍一篇关于溶酶体的综述，该文章发表在Journal of Hematology& Oncology，题目为“Role of lysosomes in physiological activities, diseases, and thera...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
科研的基本研究便是基因的研究，拿到一个新基因，第一步要做的便是查阅文献、数据库，用一切方法来确定基因是否值得研究。下面我就介绍几个常用网站，以模式动物小鼠基因MMP2为例，对基因进行初步分析。一：基因基本信息1.首先通过biogps网站(http://biogps.org/#goto=welcome)看一下基因的组织表达。(1)输入基因名称，选择物种，这样就可以看到该基因在各个组织的表达...阅读... 阅 读 全 部 >
一、软件下载以及安装1.进入NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/2.点击All Resources3.Downloads4.BLAST (Stand-alone)ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/5.根据电脑系统下载相应的安装包（*.exe）6....阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
最近，在文献中看到这样一个令人惊艳不已的组合图，如下。很明显，这个图至少是由8个小图表组合而成的，通过坐标轴粗细和图表间隔的不一致可以看出来。可见，熟练使用Ai(Adobe illustrator)也是成为科研巨佬的必备技能。(The Plant Cell, 2020)除去两侧的聚类树和条形图，组合图的中间部分其实是一种比较新颖的山峦图，也称作山脊线图(Ridgeline plots)，可以用作图... 阅 读 全 部 >