在医学文献中，经常会发现以基因名+突变信息命名的SNP，如UGT1A9*3 98T>C，如果我们要找到这个在染色体上的位置、对应的rs编号、或者要提取序列进行sanger测序验证时，这样命名的突变位点就很难查到对应的信息。此时，通过dbSNP详细的注释信息，也能找到这个位点，虽然命名形式不同。先打开dbSNP，检索要找的基因：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/proj... 阅 读 全 部 >
1.home网址：http://www.kegg.jp/kegg/2.关于kegg数据库的一些统计情况：http://www.kegg.jp/kegg/docs/statistics.html截止2018.4.12该数据库总共包含：525个代谢通路(Pathway maps)，21,952条同源群(KEGG Orthology (KO) groups)，涉及物种442真核生物、4654...阅读全... 阅 读 全 部 >
背景KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以达到以下两个层面的信息：一，如果从功能出发，我们研究功能到通路到基因，达到迅速锁定某些功能的基因；二，从基因出发，我们获得某个基因在信号通路中的角色（上下游关系）和生物学功能。ko：表示通路，这个通... 阅 读 全 部 >
Itegrative Genomics Viewer (IGV)是由Broad研究院的研究人员开发的一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，借助于此工具，从事生物信息的科研工作者就可以轻松的分析查看多种基因组数据。除了直观的查看序列信息及遗传密码中的序列变化或突变外，还可以查看拷贝数变化、染色质沉淀数据和表观遗传学修饰等。使用者可以选择多种显示模式，以heat map、柱状图、散点图...阅读全文... 阅 读 全 部 >
不知各位小伙伴是否有过这样的体验：拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果，热火朝天地查找文献、挖掘信息，最终确定了目标基因，正准备设计引物进行qPCR验证时，却发现怎么都找不到基因的序列。于是便有了以下这段对话：由于篇幅有限，这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说，让我们开始吧！在Ensembl数据库查找目标基因序列利用Ensembl数据库查找目标序列较...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
什么是SNP？SNP全称Single Nucleotide Polymorphism，即单核苷酸多态性，是指在基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A，T，C和G）的突变引起的多态性。一个SNP表示基因组某个位点有一个核苷酸的变化，源于单个碱基的转换，颠换，插入和缺失。理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。通常所...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，几乎所有的后续分析，如alpha多样性分析，beta多样性分析，差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。建库测序步骤： 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA，..... 阅 读 全 部 >