2023 03-04 【生物信息学笔记】其他主要生物信息资源 这一节里,我们来看一下独立资源的几个例子。一个很重要的资源是蛋白三维结构数据库 Protein DataBank (PDB)。我们这门课里对于蛋白三维结构的计算和预测讲的很少,但这其实也是非常重要的资源和研究方向。Protein DataBank现在主要是由Rutgers和UC Sandiego共同来管理。它目前共有9万多,将近10万的三维结构,包括8万多的X-r...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-14 ChIP测序结果图怎么用来发文章(一) ChIP测序中关键的结果图,这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功,可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征,都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用,没关系,我们结合发表的文章,让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分,上部整体展示了基因转录起始位点(TSS)及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布,可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023 01-13 果然全面:ATAC-seq分析流程综述全解 表观遗传学领域的研究是近年来生命科学领域的热点之一,高通量测序技术的进步提供了各种破译表观遗传学图谱的方法,其中包括研究染色质可及性的ATAC-seq。2013年Buenrostro J.D.等[1]发表ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)技术,由于起始细胞数要求低(大... 阅 读 全 部 >
2023 01-12 用ChIPseeker对ChIP-seq数据进行可视化,图表直观颜值高 ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用,ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化,下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下,格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtools—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:原始数据的质控、比对和过滤—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq简介ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性(通常也了解为染色质的敞开性)的办法, 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023 01-02 ATAC-Seq分析教程:用MACS2软件call peaks—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq分析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)ChIPQC—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价(一)phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 01-01 ATAC-Seq分析教程:用ChIPseeker对peaks进行注释和可视化—科研必备表观遗传学知识 ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >