2023
06-18
06-18
16S从实验到数据分析最全流程
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17
06-17
16S从实验到数据分析最全流程
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-09
07-09
16S从实验到数据分析最全流程
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
03-23
03-23
宏基因组：扩增子测序常用数据库整理与介绍
微生物扩增子测序是研究微生物组成的重要方法，且成本较低，是许多课题组的首要选择。扩增子测序数据分析最主要的一个材料就是扩增子数据库，用来与测序数据进行比对，并进行物种注释，主要收录了微生物的16S，18S个ITS序列信息。扩增子数据库版本较多，本期就对主流的扩增子数据库进行一个详细的整理和介绍，以便大家选择使用。1. GreenGenes网址：http://greengenes.s...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2020
02-21
02-21
16S/ITS功能预测 | PICRUSt等5款软件带你上车
利用16S/ITS多样性测序，可以准确了解群落的微生物组成，同时也可以大概的了解群落功能组成情况。因为16S、ITS的功能预测能在一定程度上代替宏基因组、宏转录组的群落功能的分析，所以是现在微生物比较热门的分析点。16S的功能预测有四个相关软件，分别是PICRUSt[1]、Tax4Fun[2]、FAPROTAX[3]、BugBase[4]ITS的功能预测相关软件是FUNG...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2020
02-19
02-19
干货｜自已如何在线做LEfSe分析？
LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示：数据摘抄于网上。第一行：以氧含量区分的名字第二行：以组织部位的样本名字第三行：代表编号第四行：是分类水平的最高级，依次往下... 阅 读 全 部 >
2020
02-01
02-01
做微生物研究必懂的OTU table相关知识
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，几乎所有的后续分析，如alpha多样性分析，beta多样性分析，差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。建库测序步骤： 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA，..... 阅 读 全 部 >
2020
01-30
01-30
微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题
一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息，需对样品的有效序列进行聚类，按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units )，得到每个cluster的序列及其代表序列（即为OTU），用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数，每列代... 阅 读 全 部 >
2020
01-30
01-30
扩增子图片解读7三元图
三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学，用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中，它被称做Finet...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2020
01-29
01-29
扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)
背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和...阅读全... 阅 读 全 部 >
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