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2021
07-31

干货 | 如何查找目标基因序列?掌握这几招就够了!(Ensembl篇)

不知各位小伙伴是否有过这样的体验:

拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果,热火朝天地查找文献、挖掘信息,最终确定了目标基因,正准备设计引物进行qPCR验证时,却发现怎么都找不到基因的序列。

于是便有了以下这段对话:

由于篇幅有限,这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说,让我们开始吧!

在Ensembl数据库查找目标基因序列

利用Ensembl数据库查找目标序列较为简单,只需根据物种分类,进入不同的库,然后搜索对应的基因ID即可。我们以大鼠为例,具体操作如下:

01、进入Ensembl数据库

登录网址https://asia.ensembl.org/index.htm,在搜索栏输入基因ID进行搜索:

02、搜索结果如下

03、点击第一个结果,然后点击左边的sequence

04、得到以下结果

05、下载相应的序列

点击download sequence,出现界面如下,选择要下载的序列类型,如cDNA,cds,还是最后的genomic sequence即DNA基因全长序列,最后点击download,即可下载相应的序列。

总体而言,Ensembl数据库对基因信息的呈现方式较为直观,查找起来也十分方便。需要注意的一点就是:Ensembl根据物种所属类型的不同,细分出了多个不同的库,因此我们查找基因时,也应“有的放矢”,选择正确的数据库。

如果蝇的基因,可在Ensembl Metazoa库中查找:

水稻的基因,则应在Ensembl Plants库中查找:

Ensembl根据物种类型划分的各数据库网址如下,供大家参考:

看到这里,您是否对在Ensembl数据库查找目标基因序列的方法有所了解了呢?

最后编辑:
作者:萌小白
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