ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程:ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程:原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程:用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
分类目录归档:
2023
01-01
01-01
ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析—科研必备表观遗传学知识
一、根底知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序办法1. 探究染色质的敞开性(chromatin accessibility)ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencingDNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencingFAIRE-s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
12-29
12-29
R-ChIPseq-GEO数据挖掘
今天要介绍一下数据挖掘,从大量已有的数据来产生新的hypothesis。正如我在ChIPseeker的文章里写的:There are increasing evidences shown that combinations of TFs are important for regulating gene expression (Perez-Pinera et al., 2013; ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
11-20
11-20
circRNA建库与分析流程
文库构建样品质检合格后,Input样品,使用去核糖体转录组建库,IP样品,核糖体含量低,采用全转录组建库。文库构建完成后,随后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 对文 库大小范围进行检测,插入的目的片段大小符合预期后,使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量(文库有效浓度 >3nM),以保证文库质量库检合格后,将不同文库按照有效浓度及目标下机数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
11-20
11-20
CHIP分析qc解读报告链接
QC ReportgeneralReport generated at2021-01-13 22:36:11TitleDemo-H3K27me3DescriptionThis is a input JSON for Demo-H3K2...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-19
11-19
Chip差异Peak分析结果及报告
1. 概述1.1. 背景及分析流程简介为了理解细胞中更为复杂的生物过程,许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件(例如各种治疗条件,几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平)下的转录因子结合,组蛋白修饰的差异。差异富集在生物学和医学研究中已变得具有实际重要性。为了建立对比条件消除误差,我们对数据进行了以下流程处...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2022
11-19
11-19
motif结果能给到我们些什么信息?
1. 背景简介1.1. 什么是motif?Motif是一段典型的序列或者一个结构。一般来说,我们称为基序。一般情况下是指构成任何一种特征序列的基本结构。通俗来讲,即是有特征的短序列,一般认为它是拥有生物学功能的保守序列,可能包含特异性的结合位点,或者是涉及某一个特定生物学过程的有共性的序列区段。比如蛋白质的序列特异性结合位点,如核酸酶和转录因子。1.2. 研究motif的意义序列基序在基因调控..... 阅 读 全 部 >
2022
11-19
11-19
Call Peak 流程简介
对于ChIP-seq实验,我们从比对文件中观察到的是链的不对称性,其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布,并与背景(输入或模拟IP样本)进行比较,以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2,一个基于模型分析的,常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-19
11-19
Chip-seq分析流程
流程的一些关键点分析:我们的Peak是如何找出来的?Callpeak的流程(MACS2) 1. 质控 (quality control)首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-18
11-18
这个小清新统计可视化工具太赞了~~
来 源:DataCharm/作 者:宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot,本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍,但随着对这个工具的学习,还是决定现在就推荐给大家。好了,话不多说,我们直接开始,今天推文的主要内容如下: R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包,s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >