代谢组学(Metabolomics)是生物体内生化反应的总成，是生命体维持生命的物质基础，也是研究生命活动的重要基础。代谢组学是基于高通量分析和生物信息学技术，研究生命在内、外环境影响下的内源代谢活动，包括对代谢产物种类、数量及其变化规律的检测和分析，从而研究集体生命活动发生和发展的本质。代谢物作为生物学过程的终端产物，其状态改变能够准确地反应细胞功能的变化。研究表明，包括癌症在内的多种疾病...... 阅 读 全 部 >
日前，小鹿为各位代谢组学老师推荐了一款代谢组学分析“神器”MetaboAnalyst网站（详情请戳实用锦囊：MetaboAnalyst代谢组学分析工具实操） ，MetaboAnalyst网站链接: https://www.metaboanalyst.ca/ ）。相信不少老师对这款工具已经有了初步了解~~本期，小鹿为大家带来进阶版教程，以代谢组学通路富集功能为主要切入点 ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来加州伯克利分校的Kevin Chen和Lior Pachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需...阅读全... 阅 读 全 部 >
这个春天注定让人印象深刻，新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心，虽然疫情防控严峻复杂，但全国人民万众一心，终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利，介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作，于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅 读 全 部 >
通过前两周的《本地化适应是怎么发生的？》和《突变是否影响个体的适应性？》了解了群体的核酸多样性后，我们接下来就开始要着手进行功能基因的定位了。工欲善其事，必先利其器。在我们可以自由选用各类实验设计前，我们需要了解各种方法的基本原理。让我们先从连锁分析开始。1. 连锁分析的基本原理既然群体中产生了多样性，我们就期望将与性状相关的基因定位出来。在之前的文章中，我们提到功能基因定位的方法主要包...阅读... 阅 读 全 部 >
文| R扫地僧1910字 | 6分钟阅读大家好，我是一名数据分析师，目前在一家互联网公司，做私域业务相关的数据分析工作。我经常会用R语言解决数据分析工作系列问题。在此，我分享下做数据分析工作常用的8个R包，也欢迎朋友们补充和分享自己常用的R包。1 dplyr包我用dplyr包做数据的整理工作，包括数据的选择（业务所需的行与列），变量的新增，数据的集成（常用的内连接和左连接），数据的聚合运算（描述性... 阅 读 全 部 >
1.环境：CentOS7+已安装好miniconda 2.conda安装wget<pre>conda install wget</pre>3.下载conda环境文件<pre>wget https://data.qiime2.org/distro/core...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
整理自：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Metagenomics-standard-operating-procedure-v2分析流程使用FastQC软件对原始数据进行质量检测，其结果包括reads各位置的碱基质量值分布、碱基的总体质量值分布、reads各个位置上碱基分布比例、GC含量分布、reads各个...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
扩增子和宏基因组数据分析实用指南A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome dataProtein Cell [IF: 10.164]DOI: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8Review: 2020-5-11第一作者：刘永鑫1,2,3, 秦媛1,2,3... 阅 读 全 部 >