家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
很多小伙伴拿到转录组结果，都会有一个大大的疑问，明明上一步已经计算了FPKM了，为什么差异分析还是用readcount来做，我想用FPKM行不行？这里，郑重地回答你：不可以且没必要！你熟悉的DESeq，DESeq2和EdgeR都表示不同意！他们都只认readcount！首先，先让你和老朋友FPKM再重新熟悉一下：由于不同样品过滤后获得的数据量是不可能完全一致的，不同基因长...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
转录组测序中，常见的几种reads count值的标准化方法，基于测序深度和基因长度进行标准化。RPKM、FPKM和TPM标准化RPKM（Reads Per Kilobase Million）计算方法：计算样本中的总reads数，然后将其除以1000000，获得百万缩放因子。将每个基因的reads count值，除以百万缩放因子标准化测序深度，获得每百万reads中...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲韦恩图用于展示在不同集合之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”。背景介绍可视化和提取多个基因数据集的独特（不相交）或共有子集是生物信息学经常做的工作。尽管有许多包和Web应用程序可以绘制韦恩图，但没有R包提供提取这些子集的细节并将其与数据框中的用户数据集结合起来的功能。 今天小编给大家介绍的是 VennDetail...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂上次提了下theme(),本文将专门讲解一下。凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，ggplot2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。正如R语言大神Hadley Wickham..... 阅 读 全 部 >
ggThemeAssist：鼠标调整主题，并返回代码R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节，需要写大量代码，而且反复修改、预览，费时费力。当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑，但要是图重画，所有后期编辑的工作又要重来，无法实现可重复分析，每个修改都很崩溃。有没有更方便的方式调整主题细节呢？ggTheme...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
发表期刊：Plant Biotechnology Journal发表时间：2020年7月12 影响因子：8.1研究内容：棉花花芽分化研究对象：两个早熟品种，两个晚熟品种；每个品种6个时期研究方法：转录组测序研究题目：高分辨率时空动态转录组揭示陆地棉中GhCAL介导的开花调控途径前言陆地棉( Gossypium hirsutum L.) 是世界上最重要的纤维作物。在我国黄河流域和长江流域棉区，实现早... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有0..... 阅 读 全 部 >
本篇为植物circRNA系列文献阅读第三篇，接下来几篇内容都将围绕模式植物拟南芥circRNA数据型文章报道，通读以后能够快速了解不同的circRNA数据常规分析流程。今天分享的文章题目为：Genome-Wide Identification of Circular RNAs in Arabidopsis thaliana，文章链接为 https://doi.org/10.3389/...阅读全文... 阅 读 全 部 >