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2022
05-10

GO富集分析不求人

Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-08

想知道转录组测得怎么样？快来RSeQC一下

RSeQC是一个RNA-Seq质控工具，提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序。其中一些基本模块：检查序列质量、核酸组分偏性、PCR偏性、GC含量偏性，还有RNA-seq特异性模块：评估测序饱和度、映射读数分布、覆盖均匀性、链特异性、转录水平RNA完整性等。下面我们就来介绍一下RSeQC的使用方法：#安装RSeQCtar zxf /opt/biosoft/RSeQC-2.6.4.tar.gz.... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

生信必会的SAM格式，该怎么看？

对高通量测序数据进行比对，就是将测序得到的reads定位到基因组序列上，对illumina或454得到的short reads比对的软件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。SAM格式，是序列比对文件的格式。分为头部区和主体区，都以tab分列。@HD VN:1.0 SO:unsorted头部区第一行，VN是格式版本，SO是比对的类型，有unknown,unsorted,q...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

编译 |生信宝典，May校对 |生信宝典生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础 、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 （在线轻松绘制）

封面来源于：Pixabay+易生信生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 ）、ChIP-seq分析 （）、单细胞测序分析 ()、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（） 、 批次效应处理 等内容 。所以关注火山图（其它类型图也是），先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，更准确的是看作者的描述），然后...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

图说转录组——啥也别说，你要的都在图里了！

转录组作为研究分子机制最常用的科研手段，几乎每个科研工作者都会与它有那么一两段缘分，今天就带大家一起来通过图说的形式，了解下转录组结果中的重点分析内容，闲话不多说，上干货！图说一、 生物学重复平行性检验-相关性分析热图+PCA图转录组测序目前普遍要求进行检测的每个组别，是少需要三个生物学重复，以保证结果的科学性。生物学重复的平行性越好，重复作为一个组呈现时，分析的结果越可靠，因此，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
04-30

转录组结果如何挖掘关键基因——你不得不知的“套路”

之前跟大家分享了《转录组测序结题报告怎么看？点进来就知道啦！》，看懂结果是解读数据的第一步，如何把结果跟最终的课题相关联，即数据的挖掘是数据到文章的转化关键，咱们今天就来聊聊如何在转录组结果中挖掘关键基因。有参转录组有参考基因组的物种进行转录组研究，因为基因的信息是已知的，所以在挖掘基因上会相对简单。1、通过参考文献和前期实验获得了一些预期基因的信息，可以直接在转录组的差...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
04-30

几行R语言代码即可绘制火山图？

火山图（volcano plot）常用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05，差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢？首先需要知道，火山图的横坐标通常用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
04-30

转录组测序基础知识及常见问题

转录组测序基础知识及常见问题转录组学(Tranomics)，是一门在真整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用来研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和预测新的转录本等等。转录组（tranome），是指特定生长阶段某组织或细胞内所...阅... 阅 读 全 部 >
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