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2022
05-10

GO富集分析不求人

Cytoscape是一个优秀的生物软件平台,可以完成很多的生物学分析,我们可以使用cytoscape中的bingo插件,完成模式物种的GO富集分析

首先,打开cytoscape,安装bingo插件

运行bingo

输入保存名称

输入差异基因

输入检验方式与阈值

输入要聚类的条目

选择物种

保存

运行,得到富集结果

可以看到,颜色越深,代表越显著,圆圈越大,代表富集到的基因越多

颜色表示的数值

可以将网络图导出

导出为pdf

得到表格形式的结果文件

用excel打开查看,信息包括GO号,p-value,富集的基因个数,描述,以及基因的列表,这是通过费歇尔检验得到的富集结果。



最后编辑:
作者:萌小白
一个热爱网络的青年!

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