2023
04-13
04-13
一站式lncRNA查询数据库
写在前面在研究一个lncRNA之前，我们都要先去查看这个lncRNA可能的相关的功能。比如要查看这个lncRNA的表达、查看其相互作用的miRNA或者需要去查看调控这个lncRNA的转录因子。对于不同的需求需要使用不同的数据库。今天就来介绍一个一站式查询lncRNA相关功能的数据库: AnnoLnc2(http://annolnc.gao-lab.org/)。imag...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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写在前面在研究一个lncRNA之前，我们都要先去查看这个lncRNA可能的相关的功能。比如要查看这个lncRNA的表达、查看其相互作用的miRNA或者需要去查看调控这个lncRNA的转录因子。对于不同的需求需要使用不同的数据库。今天就来介绍一个一站式查询lncRNA相关功能的数据库: AnnoLnc2(http://annolnc.gao-lab.org/)。imag...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-12
03-12
肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变的数据分析
上一篇文章《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化》主要以TCGA-LUAD为例介绍突变数据和临床数据的下载、处理以及简单的可视化。这篇文章更详细介绍可以利用maftools对肿瘤MAF格式的突变数据做哪些分析。还和上篇一样，先用maftools把数据读入具体的数据下载和处理方法这里就不再赘述了，请移步上篇文章：《肿瘤变异数据分析和可视化工具m...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
03-08
03-08
肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化
本文接上次的内容：《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》，本文以TCGA肺腺癌（LUAD）的数据为例介绍突变数据下载和可视化。数据下载和处理在TCGA官网下载TCGA-LUAD项目中mutect2输出的MAF格式的突变以及临床信息：$ ls -lhrttotal 50M-rw-r--r-- 1 xiaofei xiaofei 50M M...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-01
01-01
ATAC-Seq分析教程：用网页版工具做功能分析和motif分析—科研必备表观遗传学知识
ATAC-Seq分析教程系列ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq分析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-16
11-16
小RNA丰度条形图的绘制（R语言）
小RNA中的丰度分布十分不均，少数种类小RNA的丰度占全部的比例较高，研究重点也都放在丰度较高的小RNA上，小RNA长度分布图可以有效筛选丰度较高的小RNA，我们以文献“Characterization of mouse serum exosomal small RNA content: The origins and their roles in modulating inflammato...... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
深度丨高通量测序数据格式演化简史-nfo文件
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
08-21
08-21
小白R语言数据可视化进阶练习一
作者：路遥马亡R语言中文社区专栏作者知乎ID：https://zhuanlan.zhihu.com/c_13540979700布局参数先介绍一个布局参数：#par(mfrow=c(a,b)) #表示在PLOTS区域显示a行b列张图 par(mfrow=c(3,1)) x <- rnorm(100) y <- rnorm(100) plot(x, y, xlim=c(-5,5),...阅... 阅 读 全 部 >
2022
08-21
08-21
用R语言把数据玩出花样
R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域，教育，银行，电商，互联网…都在使用R语言。要成为有理想的极客，我们不能停留在语法上，要掌握牢固的数学，概率，统计知识，同时还要有创新精神，把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧，开始R的极客...阅... 阅 读 全 部 >
2022
08-21
08-21
ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记
taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大课堂绘制带有误差棒的条形图library(ggplot2)#创建数据集df <- data.frame(treatment = factor(c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 3, 3, 3)),response = c(2, 5, 4, 6, 9, 7, 3, 5... 阅 读 全 部 >
2022
08-20
08-20
新一代配色R包，还不赶快升级你的配色方案？
当我开始使用R时，像任何初学者一样，我想要一个真正能够工作的代码和一个最低限度可理解的图像，并且很长一段时间这是我的主要目标，但是一旦这一点完成后，我意识到我的可视化看起来很糟糕，特别是在比较和审查其他博客和网站之后，我开始搜索如何改进我的可视化。下面，创建一个简单且专业的图像的一些技巧，以吸引读者的注意力。01 创建可视化让我们开始一个简单的可视化，来自diamonds数据集的直方图。1.1 包... 阅 读 全 部 >