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2023
03-05

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools: CNV的可视化

Maftools系列文章：《maftools使用方法总结以及常见问题》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化》《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变的数据分析》...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-01

基因表达相关性可视化—弦图（R语言）

表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

50个ggplot2可视化案例

什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

ChIP测序报告中的图怎么用来发文章？（二）

ChIP测序报告中有许多结果图，都可以在文章中一展身手，比如我们今天讲解的GO富集分析图。 1. 蛋白结合（修饰）基因的GO富集分析GO即Gene Ontology，http://www.geneontology.org，是一个将全世界所有与基因有关的研究结果进行分类汇总的综合数据库，利用GO数据库，可以根据基因参与的BP(Biological...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

只看这张图，就知道ChIP测序的钱没白花

eak在TSS上下游的分布图是ChIP测序中非常关键的一张图。有这张图，我们就能知道目的蛋白（组蛋白或转录因子）在转录起始位点（TSS）及上下游附近的整体分布/结合情况。 图中横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度，它可以反映目的蛋白分布情况。input由于没有富集，其reads通常分布较低，而IP对目的蛋白及其结合序列的富集作用则会使reads覆盖深度提高，产生相应的...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

ChIP测序结果图怎么用来发文章（一）

ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
01-13

如何从ENCODE数据库中快速获取组蛋白chip-Seq的可视化数据

在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-12

用ChIPseeker对ChIP-seq数据进行可视化，图表直观颜值高

ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
12-16

神器之 computeMatrix + 绘图

感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新，欢迎您关注老俊俊的生信笔记。神器之 computeMatrix + 绘图介绍上期 ” Deeptools 神器之 bamCoverage” 讲到如何将 bam 文件转化为 bigwig 文件可视化每个基因的 reads 覆盖情况，此外如果想对某些特定类型的区域例如 TSS（transcription start site）、TES（transcrip...阅读... 阅 读 全 部 >
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