eak在TSS上下游的分布图是ChIP测序中非常关键的一张图。有这张图，我们就能知道目的蛋白（组蛋白或转录因子）在转录起始位点（TSS）及上下游附近的整体分布/结合情况。 图中横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度，它可以反映目的蛋白分布情况。input由于没有富集，其reads通常分布较低，而IP对目的蛋白及其结合序列的富集作用则会使reads覆盖深度提高，产生相应的...阅读... 阅 读 全 部 >
ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
表观遗传学领域的研究是近年来生命科学领域的热点之一，高通量测序技术的进步提供了各种破译表观遗传学图谱的方法，其中包括研究染色质可及性的ATAC-seq。2013年Buenrostro J.D.等[1]发表ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）技术，由于起始细胞数要求低（大... 阅 读 全 部 >
细胞中DNA结合蛋白数目众多、功能各异，在复杂的细胞环境中，这些蛋白如何知道自己应该结合于基因组的具体位置？这就得依靠DNA序列上的某些特定标识来引导它，motif（结合基序）是DNA上的指路牌，蛋白通过motif 可识别DNA结合位点。不同的motif具有不同的特性，可被不同类型的蛋白识别，与蛋白结合的能力也不尽相同。转录因子通常通过识别motif，与基因的调控区域结合，发挥转录调控作用。mot... 阅 读 全 部 >
今天和大家分享的是2020年3月发表在Frontiers in Genetics（IF：3.517)上的一篇文章，“Modulator-Dependent RBPs Changes Alternative Splicing Outcomes in Kidney Cancer”，文章中作者使用TCGA数据库中的肾透明细胞癌数据集，以MISO软件计算可变剪接事件的包含率，进一步通过构建调...阅读全文... 阅 读 全 部 >
ChIP-seq主要用来研究蛋白质和DNA的相互作用，ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化，下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。操作步骤把所有sample_peaks文件放在工作路径下，格式为#安装程序#source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocL...阅读全文... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的布景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评价（一）phantompe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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ATAC-Seq简介ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang试验室开发的用于研讨染色质可及性（通常也了解为染色质的敞开性）的办法， 原理是经过...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq剖析教程系列ATAC-Seq剖析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq剖析教程：原始数据的质控、比对和过滤ATAC-Seq剖析教程：用MACS2软件call peaksATAC-Seq剖析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtoo...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >