全基因组关联分析（GWAS）学习笔记分享（四）

终于到了最重要的关联分析了。

我们先回顾一下我们前几节课都讲了什么，第一节告诉您如何安装软件，第二节告诉您应该如何处理表型，第三节，vcf文件的处理，第四节，群体结构分析，第五节，亲缘关系分析。

那这节我将教大家如何去运用前几节讲的东西，去做GWAS。进行分析之前所需要准备的材料有：TASSEL软件、群体结构Q矩阵文件、亲缘关系Kinship文件、基因型文件、表型文件。

我们先ls-t一下，4个文件已经准备齐全：

我们在亲缘关系那节讲过，tassel的第一步就是给vcf文件进行排序，排成人家认可的顺序，接下来我们先运行GLM模型看一下，命令行如下：

run_pipeline.pl -fork1 -vcflecture09.genotype.vcf -fork2 -r lecture09.trait.txt -fork3 -q lecture09.Q.txt-excludeLastTrait -combine4 -input1 -input2 -input3 -intersect -glm -exportlecture09_glm_ -runfork1 -runfork2 -runfork3

运行结束之后我们ls-t看一下：

生成了2个文件，我们less -S lecture09_glm_1.txt这个文件看一下：

第一列是你的性状名字，第二列是标记，第三列是染色体，第四列是染色体位置。。。

然后根据你所设置的阈值，你就可以把你想要的显著位点筛选出来啦！

MLM模型的运算时间过长，我就不演示啦，命令行加了个Kinship矩阵：

perl tassel_v5/run_pipeline.pl-fork1 -h lecture09.hmp.txt -fork2 -r lecture09.trait.txt -fork3 -qlecture09.Q.txt -excludeLastTrait -fork4 -k lecture09.K.txt -combine5 -input1-input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D-mlmCompressionLevel None -export lecture09_mlm_ -runfork1 -runfork2 -runfork3-runfork4

当然能进行全基因组关联分析的软件有很多，我们在这里只给大家讲了其中的一个经典软件，模型呢，讲了2个经典的GLM、MLM，不同的性状，适合不同的模型，找到适合您的模型才是最好的，如果您想学习更多的方法，可观看基迪奥的GWAS系列课程。

课程中还讲解了EMMAX，FastLMM、GAPIT等一系列方法，同时也会教大家如何快速的大批量筛选显著位点，同时也会教您如何用关联分析结果绘制发表级别的图片。