ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
学术分享 | 审稿人谈审稿与投稿：从2篇拒稿说起
当审稿人看到你的论文想拒稿时，他到底看到了什么？
纳米孔测序是一种由ONT（Oxford Nanopore Technology）研发的单分子测序技术。在转录组测序应用中，相比于传统二代RNA-Seq测序技术，长读长的纳米孔RNA测序可以在无需打断的条件下得到全长序列并进行定量，同时直接RNA测序还可以检测多种碱基修饰，且测序无需扩增，减少了PCR过程引入的碱基偏倚。ONT测序技术在多个方面具有非常强悍的优势，然而，一份合格的下机数据才是科研成功... 阅 读 全 部 >
蝾螈可以再生四肢、心脏、脊椎等等组织，是研究发育，再生等等的重要材料，但由于其基因组庞大（是人类基因组的10倍）和含有大量的重复序列对其基因组解析带来了困难。近期在中国和欧洲各实验室的合作下，完成了D/D 蝾螈基因组的测序和组装，下面让我们一起来探索其神秘。摘 要 蝾螈是一类重要的研究发育、再生和进化的四足类动物模型，其中墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum）是研究分子机制的代表性蝾... 阅 读 全 部 >
随 着人类基因组计划（human genome project ）在2003年顺利完成，基因组测序技术取得了长足的进步，这直接导致了每兆基因组成本的大幅下降以及检测的基因组数量越来越多。人们对基因组的复杂性深感震惊，这也引导着测序技术的进一步发展。最近的一些突破性技术使得测序技术在更短的时间内可以获得更多的数据量。与之对应的是，还有一些技术的进步使得单条序列的测序读长变得更长——...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
近年来，微生物群落结构多样性一直是科研工作者研究的热点，微生物“个 头小，本领强”，从人体的皮肤、口腔、胸腔、阴道到肠道、粪便，无处不在，又称为“人体第二基因组”，在人体中发挥着巨大的作用。还广泛存在于土壤、水体、发酵液、植物、空气等环境样本中，它们推动着地球物质循环，影响着人体乃至整个地球生物圈的健康。 传统研究中，是将环境样本中的微生物进行分离培养，提取已经分离培养出来的每一个纯菌的DNA，针... 阅 读 全 部 >
期刊：Molecular Ecology Resources影响因子：7.093文章题目：Single-molecule long-read sequencing reveals extensive genomic and transcriptomic variation between maize and its wild relative teosinte (Zea mays ssp....阅... 阅 读 全 部 >
荟萃心理学各领域新进展、新动态来源 | 北京大学心理与认知科学学院官网近日，北京大学IDG麦戈文脑科学研究所、心理与认知科学学院、北大-清华生命科学联合中心、海南大学生物医学工程学院王征实验室，在《Nature Communications》在线发表题为“Brain-wide and cell-specific tranomic insights into MRI-derived cort...阅... 阅 读 全 部 >
一、引言肝脏作为人体代谢的核心器官，其转录组具有高度的复杂性和动态性。一个基因可产生多种不同转录本，且每种转录本均可能携带独特的转录后修饰，这些特性均深刻影响着肝脏的生理功能与代谢调控。然而，人类肝脏组织难以直接接受实验干预，且现有转录组注释在转录本亚型及 RNA 修饰层面覆盖不足，尤其缺乏特定代谢条件下的针对性注释，这极大限制了我们对人类肝脏转录组动态变化的深入理解。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
目前，二代测序技术(next-generation sequencing，NGS)凭借其高通量、高准确性与低成本的优势在基因组测序市场占据主导地位。该技术将基因组打断为小片段，在对每个片段进行测序后，生成一小段DNA序列，即读数（reads）。但是，这样的方法会导致基因组数据高度碎片化，产生不完整甚至错误的组装。近年来，对读长的更高需求加速了长读长测序（long-read ...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
哈佛大学和麻省理工学院近期发表了“High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation.”研究论文中，将 cDNA 串联成可用于长读长测序最佳的单分子的技术应用于肿瘤浸润 T 细胞的单细胞 RNA 测序,提高了寻找可变剪接基因的准确度，验证了 T 细胞中典型的 PTPRC 剪接模式...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
生信圈
欢迎您支持公众号
点击此处可关闭