通常，运行完Cell Ranger得到的a.cloupe文件会得到所有细胞的默认分群结果。但是这些数据并没有进行严格的数据过滤，其中可能包含了很多细胞、死细胞或者状态不好细胞的信息。之前版本的loupe没有数据过滤后重聚类的功能，要实现这些数据的过滤我们一般会借助第三的分析软件比如seurat，现在10x Genomics公司已经对loupe进行了升级，升级到5.0之后只需要简单的几步操...阅读... 阅 读 全 部 >
1为什么要去死细胞10× Genomics单细胞方案要求使用具有较高活性的单细胞悬液。在实际实验中，因为样本类型和制备单细胞悬液方法的不同，容易出现单细胞悬液中死亡细胞的比例较高的情况。去除单细胞悬液中的死细胞和其他污染物对获得高质量数据是至关重要的。这是因为，死亡的细胞易裂解导致其中的RNA释放出来。这种cell-free RNA会导致检测的背景噪声，并会影响单细胞数据的质量。下文我们会...阅... 阅 读 全 部 >
（图片来源：10x Genomics官方素材，侵删）Loupe Cell Browser主要用于打开10X单细胞结果文件中的.cloupe文件，导入数据后，可捕获更多数据信息。在ATAC数据的应用主要在于：用于寻找显著peaks，区分转录因子motif，识别细胞类型，比较细胞群间染色质可接近性，以及探索细胞群内的亚群。在开始学习教程之前，相信各位小伙伴们已经下载并安装...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
传统的全基因组关联分析，是直接阐述DNA与外在表型间的关联。但这一方法也存在一些不足。传统GWAS的不足1难以确定具体功能突变由于连锁不平衡的作用，与特点性状关联的区域往往具有较大的宽度，从而难以确定具体功能突变。如下图[1]，氯吡格雷GWAS分析的结果咋一看是个细峰，实际放大后你会发现这个峰具有1.5Mb的宽度。峰的区域内涵盖了CYP2C18- CYP2C19-CYP2C9- CYP2...阅读... 阅 读 全 部 >
天跟大家分享的是2020年4月发表在Mol. Carcinog.（IF：3.411）杂志上的一篇文章Alternative splicing related genetic variants contribute to bladder cancer risk.在文章中作者作者通过CancerSplicingQTL数据库搜索了位于膀胱癌的sQTL中的SNPs。进行了一项包括580例病例和1,...阅... 阅 读 全 部 >
在周一（4月2日）的《浅谈选择压力分析》一文周老师向大家介绍了选择压力分析的由来和用途，下面就可看下如何进行选择压力分析。按照群体数量，选择压力分析的方法主要可分成两类：DNA多样性的计算（单个群体内分析）和多样性水平在不同亚群间的比较（多群体分析）。第一类方法DNA多样性的计算（单个群体内分析）。在动植物重测序领域，选择压力分析的方法大多数是在同一个物种内，进行多样性统计和比较。最基础...阅读... 阅 读 全 部 >
近日，北京博奥晶典生物技术有限公司合作中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）慈维敏教授团队和北京大学第三医院泌尿外科马潞林教授、刘承教授团队在 Genome Biology（IF: 13.583）发表了应用单细胞转录组测序揭示肾癌和癌栓肿瘤微环境差异的研究成果。本研究中10x 单细胞转录组测序由北京博奥晶典生物技术有限公司提供。【发表期刊】Genome Biology【影响因子】...阅读... 阅 读 全 部 >
前言多细胞生物是由不同类型的细胞组成开放社会，这个社会中的单个细胞间必须协调它们的行为，为此，细胞建立通讯联络是必需的。细胞通讯是指一个细胞发出的信息通过介质传递到另一个细胞产生相应的反应，通过化学信号分子进行细胞间通讯是动物和植物最普遍采用的通讯方式。配体-受体复合物介导的细胞-细胞通讯对协调发育、分化和炎症等多种生物学过程具有至关重要的作用。复杂的细胞外反应始于配体与其同源受体...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
你的非肿瘤单细胞结合普通转录组分析模板已经到位，还不赶快产出你的第一篇单细胞生信文章？Hi，大家好，我是晨曦机器学习的旅程让我们稍作停留，新的一年，我们继续聚焦在单细胞年前，我们总共介绍了十几种单细胞数据库，这些数据库可以为我们的单细胞分析提供强大而又可靠的数据支持，在单细胞数据库方面我们准备的已经足够多了，接下来我们进入下一个板块——单细胞文献阅读在这一个板块，我们将通过阅读单细胞文献来逐步丰富... 阅 读 全 部 >