上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >
福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（FFPE）作为长期保存病理样本的金标准，已经存档了大量生物样品，不过这些被存档样品却因为前期固定包埋的时候，发生了核酸片段化、蛋白与核酸交联等情况，导致其价值无法被最大程度利用。随着基础研究和分子生物学相关技术的不断发展，FFPE样本的技术局限逐渐被破解，如今不仅可以在FFPE样本上开展单细胞转录组测序和空间转录组测序研究，还能同时进行空间原位多靶标蛋白检测，这..... 阅 读 全 部 >
裸花紫珠Callicarpanudiflora Hook. et Arn为马鞭草科紫珠属植物，干燥叶入药，主产于海南、广东、广西等省份，是海南省道地药材和黎药大品种，为《中国药典》2020年版唯一新增收载药材，具有消炎、解肿毒、化湿浊、止血等功效[1]。课题组前期对海南岛裸花紫珠种质资源进行调查，发现生产上尚无优势品种，人工栽培种苗大部分来源于自留种，长期以来会导致种质混杂，药材产量与质量参差不齐... 阅 读 全 部 >
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的...阅... 阅 读 全 部 >
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的创建..... 阅 读 全 部 >
基因是一切生命活动的源头，对于生命科学的研究，只要找到目标基因，就能针对性地开展这个基因的功能、机制以及后续表达等一系列研究。研究基因在代谢通路或某些特定疾病发生过程中的功能，对于疾病机理研究及药物研发具有非常重要的意义。近年来，CRISPR基因编辑技术以其操作简单和通用的独特优势，已发展为研究分子生物学机制的强有力工具。利用CRISPR技术建立可能与某类功能相关的突变体库，通过功能性筛选和...... 阅 读 全 部 >
最近CRISPR文库火“出圈”了，小源在这里整理了一份CRISPR文库速记攻略，帮助你快速了解CRISPR文库！攻略主要包括以下几个部分：1. CRISPR文库简介2. CRISPR文库有哪些应用？2.1筛选癌症治疗相关靶点2.1.1识别肿瘤驱动基因2.1.2筛选合成致死基因对2.1.3筛选肿瘤耐药基因2.2筛选病毒感染相关的宿主因子2.3其他（信号通路、抗...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢..... 阅 读 全 部 >
这段时间许多童鞋在后台问，TRIzol裂解的细胞能做翻译组测序（Ribo-seq）吗？今天统一回复下。图 (A)核糖体保护mRNA足迹不被消化；(B)将足迹与基因组比对，可以显示出哪些mRNA正在翻译以及翻译水平高低上图是Ribo-seq简化的实验流程图。Ribo-seq实验是这样做的：快速收获细胞并裂解，保持体内核糖体结合mRNA的位置。然后用RNase I对细胞裂解液进行消化处理（Nucl..... 阅 读 全 部 >