整理 | 夕颜【导读】网上关于各种降维算法的资料参差不齐，但大部分不提供源代码。近日，有人在 GitHub 上整理了一些经典降维算法的 Demo(Python)集合，同时给出了参考资料的链接。PCA资料链接：https://blog.csdn.net/u013719780/article/details/78352262https://blog.csdn.net/u013719780/articl... 阅 读 全 部 >
实际工作中要处理的变量之间的关系往往是错综复杂的。处理这些多变量数据的最大挑战之一就是信息过度复杂，若数据集有100个变量，如何了解其中所有的交互关系呢?即使只有20个变量，当试图理解各个变量与其他变量的关系时，也需要考虑190对相互关系。主成分分析等方法是用来探索和简化多变量复杂关系的常用方法。在这里我们重点介绍两种简化多变量复杂关系，即降维的方法：主成分分析和t-SNE（t-Distri...... 阅 读 全 部 >
在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后，通过STRING数据库（https://string-db.org/）检索了编码蛋白间...阅读全文... 阅 读 全 部 >
tidyverse包是一个R包集合，在数据导入，数据整理和变换，数据可视化等领域提供了数据科学的解决方案。 tidyverse包可以让数据科学家，统计学家和数据分析师等数据工作者更有效率地从事数据的研究和实践。 tidyverse包是RStudio的首席科学家Hadley Wickham创建的。 tidyverse包遵循数据科学工作流程，为使用者提供一个有效的，可以不断迭代和完善的工作方法和实践步... 阅 读 全 部 >
转自：EasyCharts今天这篇主要讲解R语言颜色综合运用，主要跟大家介绍如何提取那些专业色彩包中的颜色搭配用于在基础绘图系统和高级绘图系统中共享。其实无论是R语言的预设配色系统、自定义颜色表还是哪些专属配色包，我们所使用（或者R语言识别的）的仅仅就是一组字符向量所代表的色值而已，并不神秘。通过scales中的色彩获取函数，我们可以将专属配色主题（RColorBrewer、ggthemes）中的... 阅 读 全 部 >
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。文献中的蜂群图与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当然原则上它们仍属于散点图的范畴，因为它仍将单个样本直接显示为点。但其特别之处在于，蜂群图采用了一种逻辑，以确保所绘制的点彼此靠近且不会重叠，并能有效呈现出点分布的局部密度信息，直观而不失优雅。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
Python作为胶水语言的强大之处已经不需要我过多描述了，它在机器学习领域、大型网站搭建框架等都有非常广泛的应用，比如TensorFlow的python接口，基于Python的Tornado和Django框架，国内的知乎和豆瓣、以及Youtube大部分是基于这些python的框架。当然最为重要的是它在生物信息领域的应用也较为广泛，比如基于扩增子的测序，还有一些全基因组测序等后期分析的软件很多都是基... 阅 读 全 部 >
最近，在文献中看到这样一个令人惊艳不已的组合图，如下。很明显，这个图至少是由8个小图表组合而成的，通过坐标轴粗细和图表间隔的不一致可以看出来。可见，熟练使用Ai(Adobe illustrator)也是成为科研巨佬的必备技能。(The Plant Cell, 2020)除去两侧的聚类树和条形图，组合图的中间部分其实是一种比较新颖的山峦图，也称作山脊线图(Ridgeline plots)，可以用作图... 阅 读 全 部 >
笔者前一段时间忙于为新文章制作配图，多处搜集配图优雅美观的优质论文。最后终于找到一篇发表在 Science Advances 的文章——通过高通量测序分析揭示了小 RNA 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的调控作用。文章中除了复杂的 RNA Seq、Chip Seq 分析，图表的搭配十分美观。虽说我们是崇高的科（ke）学 (yan) 家 (gou)，但关乎我们毕业大计的 SCI 也得要「高颜值」。以常见... 阅 读 全 部 >
作者：李誉辉四川大学在读研究生 R_插值_拟合_回归_样条[参考来源](https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html)par参数：lty: line type. 可以是数字或者字符, (0 = “blank”, 1 = “solid” (default), 2 = “dashed...阅读全... 阅 读 全 部 >