分类目录归档：科研绘图

2022
06-24

学习笔记 | R 语言绘制热图的 10 种方法

说在前面此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。我之所以学 ..... 阅 读 全 部 >
2022
06-24

So easy！搞定数据质控，这三张图学会就够了！

学会这3张图，搞定数据质控So easy嗨，小伙伴们大家好~！上期我们讲到数据质控的重要性，即在表达差异分析之前需查验数据质量是否合格，如下面3张图所示，热图、PCA图和聚类树的结果均表示实验组和对照组分开的比较好，数据质量可。那么这期我们就接着这个话题，来看看如何绘制这3张图，搞定数据质控问题So easy！▌加载示例数据加载基因表达谱和样本信息文件，gene exp res是已完成基因...阅... 阅 读 全 部 >
2022
06-24

pheatmap绘制“热图”，你需要的都在这

热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。    本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图：     基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
06-24

R语言绘图：28个实用程序包

全文注释# 示例参考帮助文档# 我用Rstudio重现了所有示例# 初识R语言，请戳我的原创推文“”与“”# 使用Stata绘图，请戳我的原创推文“”# 本文以字母顺序排序程序包# 更多用于R语言绘图的程序包，欢迎在留言区补充cartogram扭曲的地图，以传达统计信息开发Sebastian Jeworutzki，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-24

R语言：circos图养成记

这次我们来个GC含量的圈图，同样的，我在这里也会描绘出各种GC含量圈图的画法，开开眼界。GC含量图在基因组circos图中算是非常有分量的，各种GC含量圈图的表达形式6的飞起。下面开始画几种类型的GC圈图。首先，加载circlize R包library(circlize)读入染色体数据和GC含量数据data<-read.table("chrom.txt",head=T,stringsAs..... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

如何让你的图变得高大上之ComplexHeatmap

ComplexHeatmap是 Zuguang Gu博士开发的一款可以绘制复杂热图的一个包，即可实现简单热图的功能，更能绘制更复杂的热图。复杂的热图有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式。 ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图并支持各种注释图形。技术小编之前对这个包做过简单介绍（ 如何让你的图变得高大上之COMPLEXHEATMAP ），这次介绍两个简单实... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

蛋白组学研究，R语言实用技巧—热图，运用pheatmap包方法

编者按热图：通过热图可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带来优雅地表现，最终效果一般优于离散点的直接显示，可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低。你还不会画热图吗？不管您是做蛋白组学、代谢组学或者多层组学研究。热图是文章里常见的图，色彩变化丰富的热图为文章亮色不少。热图可以说是生信中最为常见的图形可视化方式，用以展现表达分布模式。热图可以用于解决组学研究的什么问题？根据...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

ggplot2|主题相关函数，美化图形，总有一款适合你

《R语言实践》专栏·第10篇 文| RUser 1671字 |4分钟阅读【R语言】开通了R语言群，大家相互学习和交流，请扫描下方二维码，备注：姓名-R群，我会邀请你入群，一起进步和成长。本文收录一些ggplot2包画图相关的 主题函数，使用这些主题相关函数，可以美化你的图形，让图形的风格更加优雅。幸运的是，已经有很多设计和构建好的主题供我们使用，我们只需要在自己的图形上，选择适合自己主题即可。 这... 阅 读 全 部 >
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