Ensembl数据库|常用基因组数据库介绍

在现代生命科学研究中，基因组数据 已成为不可或缺的资源。无论是基础研究还是转化医学，如何快速、准确地获取并解析基因组信息，直接决定着科研效率。 在众多基因组数据库中，Ensembl 无疑是全球最常用、功能最全面的基因组浏览与注释平台之一。

打开浏览器，输入 https://www.ensembl.org

1. 什么是 Ensembl？

Ensembl 是由 欧洲生物信息学研究所（EBI）和惠康基金会桑格研究所（Sanger Institute） 共同开发和维护的基因组数据库与浏览平台。自 2000 年发布以来，它已经成为科研人员查询、对比和下载基因组数据的重要工具。

目前，Ensembl 主库已收录超过 300 种物种 的基因组（目前348物种），包括人类、小鼠、斑马鱼、果蝇、拟南芥等经典模式生物，还不断增加医学及农业相关物种。

除了主库，Ensembl 还提供多个分库，覆盖更广泛的物种：

Ensembl Plants （植物数据库，如拟南芥、水稻、小麦、大豆，https://plants.ensembl.org）

Ensembl Metazoa（无脊椎动物数据库，如果蝇、蜜蜂、蚊子，https://metazoa.ensembl.org）

Ensembl Fungi（真菌数据库，https://fungi.ensembl.org）

Ensembl Protists（原生生物数据库，https://protists.ensembl.org）

Ensembl Bacteria（细菌数据库，https://bacteria.ensembl.org）。

Ensembl 不仅是一个基因组数据库，而是一整套 跨物种的综合基因组学平台。

2. Ensembl 的核心功能

1. 可视化浏览： 这是Ensembl最直观的核心功能。通过交互式基因组浏览器，你可以像在地图上浏览城市一样，在染色体上自由缩放、平移，查看选定区域的基因、转录本、调控元件、变异位点等所有注释信息，并且叠加显示多种数据轨道（如表达量、保守性、表观遗传标记等）。直观清晰，一目了然！
2. 精准注释信息： 提供关于基因、转录本、蛋白质、调控区域、变异位点等最权威、最全面的注释信息。这是进行任何基因组学研究的基石。
3. 强大的检索工具： 无论是用基因名（如BRCA1）、数据库ID（如ENSG00000012048）、变异ID（如rs123456）、基因组位置（如chr17:41,196,312-41,277,500），甚至是序列片段，都能快速精准地找到目标。
4. 数据导出与下载： 方便地下载基因序列、蛋白质序列、注释文件（GTF/GFF3）、变异数据等，用于本地分析。
5. 生物信息学工具： 提供BLAST序列比对、变异效应预测（VEP）、ID转换、批量检索等多种实用在线工具。
6. 多物种覆盖： 支持数百种脊椎动物、模式生物乃至重要农作物和病原体的基因组，满足广泛的比较基因组学研究需求。
7. 免费开放！ 由欧洲生物信息学研究所（EBI）和英国Sanger研究所等机构维护，完全免费开放访问和使用，是公益性的科研基础设施。

3. Ensembl的使用

3.1 检索基因

以 人类 BRCA2 基因 为例，在首页搜索框选择 Human 并输入 BRCA2，即可获得所有相关信息（基因、转录本、变异等）。

搜索结果中给出了所有有关BRCA2基因的相关信息，包括基因、转录本、变异等信息，即使使用一些基因的同义名在页面右侧也会有相关最佳匹配的提示。

点击搜索到的最匹配的结果，在基因详细信息页面可以看到基因基本信息（位置、基因ID、基因类型等）还可以看到转录本信息、还可以获取序列信息、比较基因组信息、进化信息、变异信息、基因表达、基因通路、分子互作等信息，十分全面。

3.2下载参考基因组

在首页点击任意物种（如 Human），即可进入下载页面，获取该物种的参考基因组序列及注释文件。

以上是两个较为常用的功能，Ensembl 数据库还有很多功能大家可以探索~

小结

Ensembl 就像一部 基因组百科全书，不仅整合了丰富的基因组与功能注释信息，还提供强大的可视化与分析工具。无论你是科研新手，还是资深研究人员，Ensembl 都是探索基因与生命规律的得力助手。

Ensembl 入口：https://www.ensembl.org