单细胞数据库强势来袭 - 卖萌控的博客

导语

GUIDE ╲

近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。

单细胞数据库分类

Human Cell Landscape (HCL)
Human Cell Atlas (HCA )
Human Protein Atlas (HPA)
SC2disease
Cell BLAST
CellMarker
PanglaoDB
CancerSEA

单细胞数据库详情

Human Cell Landscape

Human Cell Landscape (HCL, http://bis.zju.edu.cn/HCL/或国家基因库镜像地址https://db.cngb.org/HCL/)

HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台，包含60种人体组织和7种细胞系的细胞，跨越胚胎和成年两个时期，涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature，作者开发了scHCL单细胞比对系统，可帮助鉴定人类细胞类型。

其中几大功能介绍如下：

名称	功能介绍
Landscape	可对人体102种细胞类型进行可视化、也可以对细胞分组、筛选特定组织或基因进行可视化。
Gallery	可下载特征组织的单细胞的表达矩阵以及基因聚类分析的结果。
Search	可选择特定组织下的感兴趣基因，并获取该基因表达的柱状图和tSNE聚类图。
Run-scHCL	允许用户自行上传RNA表达矩阵(scRNA或bulk RNA都可以)，运行该模块后，可鉴定数据中的细胞类型，并提供交互式热图和csv文件结果。

Human Cell Atlas

Human Cell Atlas (HCA, https://data.humancellatlas.org/).

人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织，289个供体，共包含450，0000个单细胞测序数据，可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。

Human Protein Atlas

Human Protein Atlas (HPA, https://www.proteinatlas.org/humanproteome/celltype)。

SC2disease

SC2disease (http://easybioai.com/sc2disease/)。

SC2disease收录了29种组织、341个细胞类型，涉及到25种疾病。用户可以获取每种疾病状态下各个细胞的基因表达谱、查询感兴趣基因在不同细胞类型中的表达变化、寻找疾病特异或细胞类型特异的marker基因，比较疾病状态和非疾病状态的不同细胞类型的基因表达谱。该数据库的结果均为人工收集，于2020年10月份发表。

Cell Blast

Cell BLAST (https://cblast.gao-lab.org/)。