笔记｜基因组与比较基因组学学习整理（3）

时间有限，只写命令行部分。

我之前夸下海口，要达到浙大博士毕业水平。（是的，我脸皮很厚）

今天看了浙大昆虫基因组学的一份博士学位论文，还是明显地感觉到了差距，确实需要做很多，这个人有一篇4分，一篇9分，和两篇中文，9分的这篇是搭建了一个数据库，这个需要的计算机知识确实很多。

事实上，我都不知道做生物信息学，到底是生物学还是计算机能力要求更多。目前感觉到，确实对于计算机专业的学生来说，做这件事可能更容易上手一些。

从脚踏实际开始干事儿里去学习知识可能是最好的方法。

＝＝＝＝＝＝＝准备工作＝＝＝＝＝

1. gff或gtf格式结构注释文件
2. 一条基因仅保存一条最长转录本的fasta格式文件

gffread -T -o **.gef **.gff3

mutategtf,lenth = abs(end-saaa.4tart)+1)%>%

sed -i.bak 's/.IT

#做一个总的注释信息

＝＝＝＝＝＝基因家族聚类＝＝＝＝＝＝＝

$ orthofind -f data -S diamond -M msa -T fastatree -t 6

＝＝＝＝＝共线性＝＝＝＝＝

MCSanX data/sind_vvin

prefix=sind_vvin

java dot_plotter -g data/$prefix.gff

-s data/$prefix.collinearity

-c $prefix.dual_synteny.ctl

-o $prefix.dot.png

java dual_plotter -g data/$prefix.gff

-s data/$prefix.collinearity

-c $prefix.dual_synteny.ctl

-o $prefix.dot.png

java circle_plotter -g data/$prefix.gff

-s data/$prefix.collinearity

-c $prefix.dual_synteny.ctl

-o $prefix.dot.png

java bar_plotter -g data/$prefix.gff

-s data/$prefix.collinearity

-c $prefix.dual_synteny.ctl

-o $prefix.dot.png

＝＝＝＝＝分化时间计算＝＝＝＝＝＝

mcmctree mcmctree.ctl > run.log

cat FigTree.tre

mv out.BV in.BV

mcmctree mcmctree.ctl

codeml codeml.ctl

mcmctree mcmctree.ctl

mv out.BV in.BV

＝＝＝＝＝＝基因家族收缩扩张＝＝＝＝＝＝＝

基因家族聚类统计表格

带分化时间的物种进化树

cat cafe.

date

load -i example_data.tab -p 0.01 -t 10 -l log .txt

tree (((A:6,B:6):81,(C:17,D:17):70:6,dog:93)

lambda -a

report global_cafe.out

date

cafe ./cafe.

对cafe结果进行汇总统计

python2 ../..//python_s/catetutorial_report_analysisi.py

-i global_cafe.out.cafe

-o global_cafe.out.summary

> global_cafe.out.summary.log

python2 ../..//python_s/cafetutorial_draw_tree.py

-i global_cafe.out.summary_nod.txt

-t '(((A:6,B:6):81,(C:17,D:17):70:6,dog:93)'

-d '(((A<0>.B***'

-y Expansions -o expansions_tree.png

＝＝＝＝＝正选择分析＝＝＝＝＝＝

muscle -in all_FAD.fasta > all_FAD.muscle.fasta

/pub/anaconda3/envs/orthofinder/bin/rexmlHPC-PTGREADS -f a

-p 123 -x 123 -#100

-m PROTGAMMAJTT

-n out

-s all_FAD.muscle.fasta

1>tree.log 2>tree.err

＝＝＝＝circos使用

circos -cof circos.conf

circos -man

转自：BaNono

最后编辑：2022-07-09

作者：萌小白

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