2023 05-01 懒人福音,做ceRNA的都给我进来看! LncACTdb 2.0数据库食用指南Hello,小伙伴们大家周三好~本周我们继续来讨论一下lncRNA的一个大热功能,也就是lncRNA的ceRNA机制。ceRNA是个啥,相信各位小伙伴们已经非常清楚了,无论是酸谈老师的直播还是文献品谈会都介绍了大量的ceRNA的案例文献。在ceRNA的机制中,一共有三个变量参与,以lncRNA为例,最最常见的ceRNA结构就是lncRNA—miRNA以及miR... 阅 读 全 部 >
2022 07-10 ceRNA常用鉴定和预测工具介绍 已经陆续为大家介绍了ceRNA研究的建库方法(文章:),还有ceRNA之间的调控关系(文章:),这篇就来总结一下miRNA、 lncRNA、circRNA鉴定及靶向关系预测常用的分析工具。 miRNA鉴定去除低质量的数据,得到clean data后,还需要和Genebank、Rfam等数据库比对去除rRNA,scRNA,snoRNA,snRNA,tRNA等其它小RNA的tags,最后再进行mi..... 阅 读 全 部 >
2022 07-01 ceRNA介绍及分析研究策略 前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增,siRNA,piRNA,miRNA, LncRNA一个个明星分子层出不穷。更有一些新的名词不断产生,如ceRNA。其实ceRNA的提出也有一段时间了,而且它并不是一种新的RNA分子,而是一种调控机制。在最近的研究中表明基因在转录调控中存在多种模式作用,microRNA作为其中一种重要的调控因子,是长短约22nt的短链RNA,能够通过抑制目...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022 06-23 爱它就挖掘出它的最后价值:一个R包的全方位使用手册 之前介绍了如何通过使用GDCRNATools这个包构建ceRNA网络,可以说整个过程非常简单和明了,对于我们学医的小朋友来讲,是个极好用的工具。但是这个包除了构建网络以外,还有很多附加的功能。要知道一篇ceRNA的文章,不单单只有那张网络图而已,还需要其他内容进行修饰和填充。那我们来看看这个包到底还有哪些功能?前两期链接:一这三条代码产生了下面几张图,具体就不解释了,一看就知道哈二输入上述的代码,... 阅 读 全 部 >