多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA），对多个序列进行对位排列。这通常需要保证序列间的等同位点处在同一列上，并通过引进小横线（-）以保证最终的序列具有相同的长度。在生物信息分析中，我们有时需要进行多序列比对，Biopython可以帮我们实现，特别是使用linux系统的同学，biopython值得拥有。两种读取方法Biopython提供了两种方法读取多序...... 阅 读 全 部 >
常见的建树方法有：贝叶斯法（Bayesian），最大似然法（Maximum likelihood，ML），最大简约法（Maximum parsimony，MP），邻接法（Neighbor-Joining，NJ），最小进化法（Minimum Evolution，ME），类平均法（UPGMA）。一般来讲，如果模型合适，最大似然法的效果较好。对于近缘序列，最大简约法用的假设最少，各种方法结果...阅读全... 阅 读 全 部 >
基因序列是大多数生物医学研究僧经常碰到的一种的数据。不同于长达几kb的序列，在一些情况下，我们需要在文中展现局部的，比如仅有10-20bp，序列突变情况，这就构成了一个seqlogo。那seqlogo是啥？长啥样，请看下图：在openi网站，输入关键词sequence logo，就可以发现有非常多的seqlogo，这些图都来自于已经发表的SCI论文（是不是又给大家透露了一个科研神器）。简单来说，s... 阅 读 全 部 >
植物基因组通常具有较高的重复序列，且很多为多倍体，因此组装植物基因组具有一定的挑战性。双子叶模式植物拟南芥、单子叶模式植物水稻基因组序列分别在2000年、2005年公布，它们都是基于BAC克隆及sanger法测序的方法获得的，至今在植物基因组序列中其质量依然是最好的。二代测序技术的出现及发展，极大地加快了植物基因组的研究进程，已经有超过200种植物获得了基因组序列，但是由于二代测序...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
马上2019就过完了，实验还没眉目？标书还没开始？我想起了那句名言：Deadline是第一生产力。今天师兄又给大家送温暖，送干货，讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。据说看懂这张图，lncRNA研究易如反掌，咳咳咳师兄似乎看懂了 看是看得懂，就是没钱啊这张图是不是很厉害的样子，咳咳咳，师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解（1）人家一篇review都能发Cell能在CNS上面... 阅 读 全 部 >
相信不少小伙伴都遇到过这样的疑惑：收到一份转录组测序结果，辛辛苦苦查找文献，挖掘关键基因信息，眼看一篇高大上的文章即将诞生，却卡在了进行qPCR验证这最后一步：我关注的RNA序列在哪里？没有序列信息我要怎么设计引物做荧光定量PCR呢？莫慌，我们整理了派森诺各种常规转录测序产品的RNA序列信息，下面就一起来看看吧！1、 有参转录组有参考基因组的转录组项目在进行分析时，我们是...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的缩写(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)。COG是在对已完成基因组测序的物种的蛋白质序列进行相互比较的基础上构建的，COG数据库选取的物种包括各个主要的系统进化谱系。每个COG家族至少由来自3个系统进化谱系的物种的蛋白所组成，所以一个COG对应于一个古老的保守结构域。构成每... 阅 读 全 部 >
一、序列处理在线工具包（The Sequence Manipulation Suite）序列处理在线工具包是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合，是一款非常实用的序列比对分析网站。网站常用的功能包括：DNA/蛋白质序列过滤器，反序与补序工具，DNA/蛋白质序列分组工具，翻译和蛋白分子量等。 下面简单介绍一下常用功能：1DNA/蛋白质序列过滤器DNA/蛋白质序列过滤器用来从文本中移去非DNA字... 阅 读 全 部 >
1.进化树1.0版本上一期已经给大家介绍根据基因或者蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列，然后将序列导入MEGA软件中进行比对，最后生成.meg的序列比对文件。那么用这个文件是不是就能构建进化树呢，当然可以。方法也很简单，单击菜单【File】→【Open A File/Session】，打开上述.meg文件，点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【C...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >