1. Histone-Chip

组蛋白(Histone)是什么？组蛋白是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白存在五个主要的组蛋白家族：H1/H5、H2A、H2B、H3和H4。组蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心织蛋白（Core Histone）。核心组蛋白是高度保守的蛋白质，意即组蛋白在氨基酸序列中有着非常小的改变。

组蛋白功能有哪些？1. 填充蛋白质：组蛋白作为DNA缠绕的线轴。这使得能够在细胞核内将真核细胞的大型的基因组所必需的压实物：压实的分子比未压实的分子短40,000倍。 2. 染色质调控：组蛋白进行翻译后修饰，以更改它与DNA及其他核蛋白的相互作用。组蛋白H3及H4有着核小体伸出的长尾巴，能够在不同的地方进行共价修饰。这种修饰包括有甲基化、瓜氨化、乙酰基化、磷酸化、小泛素相关修饰化、泛素化及二磷酸腺苷核糖基化。组蛋白核心（即H2A及H3）亦可以作出修饰。修饰的组合可以组成编码，成为组蛋白编码。组蛋白修饰在不同的生物过程起着作用，包括基因表观调控、DNA修复、有丝分裂及减数分裂。

1.1. 组蛋白修饰

组蛋白修饰与基因表达调控有关已经被广泛的证明了。常见的组蛋白修饰的类型：

组蛋白修饰的命名？

先以组蛋白名称开始，如H3；单一字母的氨基酸简称，如K代表赖氨酸，及在蛋白质的位置；及修饰的种类，Me即甲基化、P即磷酸化、Ac即乙酰化及Ub即泛素化。举例来说，H3K4Me就代表组蛋白H3从N端开始起计第4个赖氨酸的甲基化。示例H3K27me3如下，它表示组蛋白H3蛋白亚基上的赖氨酸27的三甲基化：

缩写	含义
H3	H3家族的组蛋白
K	赖氨酸(lysine)的标准缩写
27	氨基酸残基位置（从N端开始计数）
me	甲基化
3	甲基化数量

1.2. 常见的组蛋白修饰

简介：

H3K27ac

H3K27ac是DNA包装蛋白Histone H3的表观遗传修饰。这是表明组蛋白H3蛋白N端27位赖氨酸残基乙酰化的标记。
H3K27ac与转录的更高激活相关，因此被定义为活性增强子标记。H3K27ac被发现在转录起始位点（TSS）的近端和远端区域。

H3K27me3

H3K27me3是DNA包装蛋白Histone H3的表观遗传修饰。这是表明组蛋白H3蛋白上赖氨酸27的三甲基化的标记。
这种三甲基化通过形成异色区域与附近基因的下调相关。

H3K4me1

H3K4me1是DNA包装蛋白Histone H3的表观遗传修饰。这是表明组蛋白H3蛋白第4个赖氨酸残基的单甲基化标记。
通常与基因增强子有关。

H3K4me3

H3K4me3是DNA包装蛋白Histone H3的表观遗传修饰。这是表明组蛋白H3蛋白第4个赖氨酸残基的三甲基化标记。
通常参与基因表达的调节。

其他：

RNA-II

RNA聚合酶II（RNAP II和Pol II）是一种多蛋白复合物，可将DNA转录成信使RNA（mRNA）和大多数小核RNA（snRNA）和microRNA的前体。
它是在真核细胞核中发现的三种RNAP酶之一。
RNAP II 是一个由 550 kDa 的12个亚基组成的复合体，是研究最多的RNA聚合酶类型。
它需要多种转录因子才能与上游基因结合启动子并开始转录。